在美国和其他一些国家，不少养猪户会自己种植玉米。但是由于收获条件的不同，农作物很可能会感染黄曲霉菌，从而导致农作物受到黄曲霉毒素的污染。此外，在乙醇的生产过程中，霉菌毒素会在玉米酒糟(DDGS)中浓缩，浓度会比原有水平高出3-4倍。
近年来替代饲料越来越受到人们的关注，这里值得注意的是小麦麸也能携带高水平的霉菌毒素。堪萨斯州大学养猪专家Mike Tokach和Joel DeRouchey对于养猪过程中出现的霉菌毒素问题提出了以下建议：
如果可能的话，谷物入库前必须进行清理。这样可清除损坏的谷物以降低谷物内的毒素水平(大约可降低50%)。
粮仓内的湿度要低于15%(最理想的湿度状态是小于13%)，以抑制真菌进一步的生长和毒素的产生。
如果出现真菌污染或怀疑受到真菌污染，可考虑在将玉米入库前加入丙酸。加入0.5%的丙酸可以抑制真菌的进一步生长。
监控粮仓的温度，在高温区域将会促进真菌的生长和毒素的产生。如果可能的话，将储存的玉米分为低霉菌毒素污染和高霉菌毒素污染区。霉菌毒素低于20ppb(亿分之一)的玉米可以用于母猪、保育期和育肥后期饲料;而高于20ppb的可用于饲喂育肥猪。
要尽快使用低容重的玉米。因为它不能很好的储藏。
必须控制玉米酒糟(DDGS)的供应，因为黄曲霉素在DDGS中的水平要比玉米原料中高出4倍。
Tokach说：“我们必须记住一点，黄曲霉毒素是一种致癌物质，它的水平会在人体内不断地富集。因此，当饲喂含有黄曲霉毒素的玉米时，短期内有可能会出现采食量下降，但从长远来看，动物将会出现严重的负面影响。”
在饲喂生长/育肥猪的过程中，如果玉米中黄曲霉毒素的含量少于200ppb时，通常不会对猪群有副作用。但是当黄曲霉毒素含量达到200-400ppb时，猪群将会出现增重减慢，同时还会影响免疫系统。而当含量达到400-800ppb时，将会出现肝脏病变。
一般情况下，玉米中黄曲霉毒素含量低于100ppb时，不会对母猪有负面影响。然而，当黄曲霉毒素含量达到500-750ppb时，由于母乳中含有黄曲霉毒素，哺乳仔猪将会出现生长减慢。而对于保育猪，黄曲霉毒素低于20ppb时将不会有负面作用。
霉菌毒素吸附剂如膨润土或铝硅酸盐等吸附剂按每公吨饲料添加5千克，可以降低黄曲霉毒素的影响。研究表明，膨润土可吸附高达700ppb的霉菌毒素。这表示如果霉菌毒素水平在200ppb时，我们不需要在育肥饲料中添加吸附剂，除了育肥后期饲料。
虽然研究结果显示，在饲料中添加膨润土后，可以控制高含量的霉菌毒素。但美国食品和药物管理局(FDA)要求，用于饲喂幼猪的玉米的霉菌毒素含量要低于20ppb，对于哺乳母畜则要低于100ppb，而对于育肥动物要低于200ppb。
FDA的规定里要求，玉米中霉菌毒素含量超出200ppb，在饲喂前需要混合其他玉米以降低霉菌毒素的水平。同时，混合玉米必须现场使用，不得出售。养猪生产者必需使用清洁的玉米(霉菌毒素含量低于20ppb)来饲喂保育猪和哺乳母猪。而对于霉菌毒素含量高于20ppb的玉米则用来饲喂育肥猪。
