1、利用微生态提高饲料消化吸收率
不同的菌种在不同过程中会产生不同的酶，在酶的催化作用下可将动物难以消化吸收的粗纤维、粗蛋白、淀粉、果胶等物质降解成易消化吸收的葡萄糖、氨基酸、寡糖、多肽等小分子，从而改变原料的物理、化学性质，使饲料变软变香，提高适口性，增加其消化吸收率。
2、利用微生物代谢产物提高动物肠道和机体健康
微生物的生长代谢产生的有机酸、维生素和生物酶，促进了肠道的消化吸收和蠕动。微生物的正常活动是保证动物消化和健康基本条件。
提高了饲料营养水平
1.1 利用微生物的作用将饲料中动物不易消化吸收的物质如粗纤维，果胶等降解转化为易于动物消化吸收的小分子物质。
1.2 利用微生物中乳酸菌、酵母菌、脂肪菌等其它益生菌，将饲料中各种成份进一步合成为氨基酸、蛋白质、维生素、有机酸。
1.3 利用微生物生长繁殖快、增殖率高，代谢能力强的特性，产生大量菌体及代谢产物。
微生物的菌体营养非常丰富，微生物细胞与其他生物细胞化学组成没有本质上的差异。在细胞的干物质中有蛋白质、碳水化合物、脂类和矿物质等。蛋白质成分包括了动物所必需的各种氨基酸。微生物的代谢产物为蛋白质、脂类、酶、多糖、核酸等。
2提高了动物自身免疫力
利用有益提高健康水平的假说是梅切尼科夫博士提出的(1907年诺贝尔将获得者)。动物免疫力提高的理论来源于肠道生态平衡研究，其论点主要有以下几方面：
2.1 生态平衡论
动物体内寄居着大量的微生物，菌与菌之间相互制约、相互影响、相对平衡。在和平共处的条件下，各益生菌群广泛布于肠粘膜表层，形成生物屏障，通过占位性保护即竞争粘膜位点排斥病原微生物，或外来致病菌的定植、占位、繁殖。同时在占位点的代谢产物，如乳酸、乙酸、丙酸及细菌等新型物质又可以阻止或杀灭病原微生物。
动物每天都在吃进大量的食物，有大量的微生物会随食物一同进入肠道内，而自然界中存在的微生物绝大部分对动物是有害的(主要是一些腐败菌)。菌群与动物和平，菌群与菌群的平衡，会随动物食入外来菌的数量及菌种与外来菌的战斗，每时每刻都在进行，量到质的变化也会表现在消化率的变化上。我们有时看到动物排出大量未消化的物质就是菌群失调引起消化不良的结果。如有害菌群在肠道内占具优势时，就会大量抢占粘膜位点，各种毒素就会通过肠壁向肠外组织转移，向动物发难引起动物各种疾病。为此需要大量食入新型微生物(包括其发酵物)以补充动物体内的益生菌群，代谢物质、有机酸等，抵消来自自然界的有害菌对动物的影响，使菌群保持相对平衡。
