穿心莲采收时间和药效关系很密切，适时采收，有效成分含量高，植株要现蕾时采收为最佳时间。再者从栽培后75～90天，从茎基部分枝2-3节的地方，割取全草为最合适，割后要加强水肥管理，准备割第二次。也有的地区采穿心莲的叶，方法是从株高20～25厘米开始采，将茎基部的黑绿色的、比较厚的老叶摘下，采1～2次即可，每次不要过多，否则影响植株生长。嫩叶不要采，避免影响产量，当顶梢开始变尖时全部割下，再把叶子搞下，不要受霜冻，否则叶子变红紫色，影响药的质量。
全国各地区气候不一样，采收时间各异，广东福建定植3．5～4个月采收，8月份割第一次，11月割第二次，广东省海南等地栽植2-3年。华北9月中下旬割穿心莲，上海8月份割。收获后晒干，如果没有晒干，遇到阴雨天应该摊开，不能堆积，否则发热变质。
