果皮上沾附的微生物、空气中的杂菌，常随破碎、压榨侵入果汁中，于发酵前后参与活动。特别对一些遭受病虫害、不清洁、不新鲜或个别破烂腐败的原料，为了发酵安全，一般常进行二氧化硫处理。
二氧化硫的添加方法应在破碎时或下池前将全量一次加入。破碎时用滴加法。这样，一开始就起到杀菌作用。否则杂菌繁殖，失去使用二氧化硫的意义。
果实在破碎前用熏硫法使果实吸收一部分二氧化硫，并被二氧化硫包围一层，取汁的效果更佳，能保留更多的果香。果汁经二氧化硫处理，不仅有杀菌作用，而且还起到澄清作用。
据新西兰猕猴桃酒加工经验，在发酵、过滤、陈酿过程中，均控制二氧化硫30-40毫克/公斤，对果酒清晰度以及维生素C含量保存率，均有良好效果。
