诊断方法的应用也是一个难题，神经氨酸酶抑制(NI)试验可以鉴定出9种NA亚型，但是这种试验不能筛取大量样本。意大利鉴别诊断策略采用iIFA定向检测N1蛋白是一种快速而简便的试验方法，可是iIFA试验并不是适合所有的NA亚型，并且试验结果很难解释。一种正在开发的ELISA方法有可能会提供一种灵敏高效的检测方法。
4 非结构蛋白策略
近年来提出了一种可选择的非结构蛋白(NS1)策略，它利用了流感病毒NS1免疫反应的差异。细胞感染流感病毒时会产生大量的NS1蛋白，但病毒粒子内不存在这种成分。禽流感灭活疫苗主要是全病毒粒子，理论上疫苗免疫动物不会产生NS1蛋白的抗体反应，而野毒感染动物则会产生这种反应。NS1试验不仅能区分疫苗免疫和野毒感染家禽，而且也能鉴定疫苗免疫和正遭受感染的家禽[12]。此外，这种鉴定能力让贸易伙伴们相信他们的禽类没有受到野毒感染。
NS1策略与NA策略相比，前者的最大优势是适用于任何一种灭活疫苗并且只需要一种诊断方法，而NA策略需要进行多种诊断方法。此外，NS1系统要求疫苗中HA和NA都要匹配，潜在地提高了保护性。NS1策略最大的缺点是潜在的NS1蛋白污染对试验结果造成的影响。和亚单位疫苗与NA策略一样，NS1策略同样存在灵敏度不高的问题[13]
