接种疫苗具有某些优点，但同时也存在一些潜在的缺点。首先就是接种疫苗的成本，因为禽类个体的价值特别是小鸡是非常低的，这在疫苗接种方面就造成了很大的阻碍。在美国，大多数的家禽在孵化所里就开始接种疫苗，同时还采取大规模的接种方式(喷雾或给水途径)，这样可使接种疫苗的成本降低。对禽流感来说，目前主要是大量使用灭活佐剂疫苗或禽痘重组载体疫苗，灭活疫苗在家禽的禽流感中的使用最广泛，一般采取皮下注射，其停药期较长。
接种疫苗的第二大局限是对国际贸易的影响。接种疫苗一般是为了消灭疾病，应该是不会受到贸易制裁或限制的，但是在过去接种疫苗会产生一种错觉，那就是传染病会在接种疫苗的国家蔓延，并且对家禽或家禽产品实行非关税的贸易壁垒。增强诊断检验的能力，通过加热或在某些情况下使用疫苗来处理产品也能确保其安全性。
接种疫苗的第三个缺陷是它对血清学监测造成了影响。在美国经常对禽流感进行血清学监测，是国家家禽改进计划和其他监测程序的重要组成部分，这种血清学监测保证了畜禽免受禽流感的侵袭。现在使用的灭活疫苗能对细胞的结构蛋白产生可检测的抗体，这些蛋白包括基质蛋白和核蛋白，这两种蛋白在琼脂免疫扩散试验(AGID)和酶联免疫吸附试验(ELISA)等一般的抗体检测试验中都可以产生A型特异性抗体。因此，接种疫苗禽类就不能和自然野毒感染禽类区分开了，这降低了血清学监测的作用。
接种禽流感疫苗的第四个缺点是抗原漂移，其血凝素基因积聚性的点突变使疫苗的保护性大大降低。抗原漂移是人、猪和马流感的关注要点，使得疫苗要不断更新。抗原漂移被认为是野毒在宿主体内受到免疫压力所致，接种疫苗或自然野毒感染都可能产生抗体压力，病毒将在压力下进行选择来逃避免疫反应，使得病毒在宿主体内大量复制，产生较高的病毒滴度量[6-7]。病毒进一步复制，病毒的应变能力增加导致能传播到其他易感宿主。直到现在，人们才认识到禽流感病毒抗原漂移问题的重要性，最近在墨西哥、危地马拉和萨尔瓦多的疫苗试验表明，抗原漂移已经成为一个很严重的问题。
尽管接种疫苗能影响血清学监测，并且不利于国际贸易，但现在仍然认为接种疫苗能更经济有效的扑灭禽流感。在生产实践中为了控制禽流感，要进行血清学监测，重要的是不仅要区分禽流感疫苗感染和和野毒感染，而且必须鉴别疫苗接种的动物是否感染了禽流感
