现代农业发展呼唤新型农业生产经营主体。喀喇沁旗旗委、旗政府高度重视农民专业合作社的发展，始终将提升农业综合发展水平、促进农业产业化提档升级、培育新型农民作为一件大事来抓，把成立农民合作社集体发展作为农民增收的新途径、农村经济发展的新增长点和农村经营体制创新的切入点。截止2013年11月底，全旗在工商局登记注册的农民专业合作社369家，其中种植业180家，养殖业135家，种植加养殖的11家，农机服务业18家，储藏加工的8家，产加工一体的17家。合作社总资产达到7730万元，社员出资总额280万元，入社社员54412人，辐射带动农户4.2万户。其中有两家荣获国家级示范社称号。
2012年3月分成立的喀喇沁旗锦丰养殖专业合作社，虽然成立时间比较短，但是合作社规范内部管理、生产经营和利益分配。如今参加合作社的成员已达到300多户，业务范围涉及生猪饲养、销售、生产、防疫、培训等内容，带动了周边500多户养猪致富。据统计，截至目前，已实现销售收入200多万元。
喀旗现在共有畜牧养殖专业合作组织14家，经营范围基本上涵盖了农民饲养的全部品种，合作组织以“牧业增效，农民增收”为出发点，通过“抱团”合作，在养殖户与“大市场”之间铺就了一条锦绣“钱程”，不仅使全期的畜禽饲养量逐步增加，而且带动了全旗畜牧业的快速发展。
2013年1月18日成立的赤峰众源农业专业合作社，以建设高标准的、集农业生产、生态庭院建设、观光旅游、休闲娱乐、健身养生、药乡驿站为一体的现代化农业示范区为目标，建立和整合周边4—5个农民专业合作社，采用“农庄+基地+专业合作社+农户”的模式，积极引领当地农户走有机产品产业化之路。截至现在，在合作社200亩的药植园内，已经栽种换代药材品种白芍80亩，种植白勺苗20亩，党参苗10亩。为农民无偿试用奥特尔有机底肥100吨，欧甘有机叶面肥1吨。与毫州、河北、山东等地中药材专业合作社和有关组织建立了合作关系。据了解，牛家营子镇现有中药材合作社25个，成员151名，带动周边药材种植户800多户，年实现销售收入4400多万元，药材种植已成为当地农民增产增收的重要途径。
喀旗芳香食用菌专业合作社成立于2008年，又大营子村房立新等六户个体户共同出资320万元组建而成，主要从事食用菌种植和野生食用菌收购、加工、销售以及新品种的实验与推广业务。该合作社成立以来，按照“合作社+基地+农户”的经营模式，立足服务食用菌产业，带动农民增收。2012年，企业正式投产运营，年加工食用菌2000吨，实现产值2000万元，利润150万元，安排就业200人，带动500户农户从事食用菌种植、收购，种植户年均增收5000元。目前，合作社社员达到148人，种植食用菌社员达到128人，种植规模160万元，从事采集收购社员20人，预计年可盈利890万元。据统计，喀旗共有食用菌农民专业合作社14家，食用菌种植已成为农户增收的重要来源和经济支撑点。
2009年，全旗第一个农机合作组织乃林镇佳丰农机合作社成立，农机合作社在实际工作中实行“四个统一”的管理原则，使有机农户和无机农户达到互惠互利合作双赢的目的，在解决了农村外出打工家庭后顾之忧的同时，推动了农村经济的积极发展。
