为了保持品种的本性，要经常进行选种。选种有两种方法，即株选和片选。株选就是选择植株生长健壮，无病虫害，不开花，具有本品种特征的植株作为种株。主要目的是保持其种性，株选要细心根据本品种株型特征选定植株。第二年将选定植株的球茎进行扩大繁殖，到第三年即可作为大田用种。片选就是在留种田生长期间，淘汰劣株，主要目的是为了第二年就有大田用良种，方法是选生长较整齐一致的大田，进行去杂、去劣，混合采收作第二年大田用种。株选或片选的慈姑采收后，还要选择一次，去掉过大、过小和不具备本品种形态的球茎。选留良种，应专门建立留种田，实行球茎选、株选、片选相结合。
慈姑作种的球茎播前有3种处理方法：一是以整个球茎作种的，即以完整的球茎播种、育苗，这种方法好处是球茎能在发芽、生根和生长初期，提供所需营养，但不经济。二是切除球茎2/3，留1/3球茎在顶芽上，这种方法，既可将切下的2/3球茎作为蔬菜食用，又可使幼根、幼芽在发生和生长前期有一定养分供给，要注意的是，必须将切口处洗干净，以免病菌侵入。三是用刀直接在芽的基部将顶芽挖下，作为种子育苗，整个球茎全供食用，这种方法，大大地节约了用种量，要注意的是在挖下顶芽时，仍要稍带点球茎，这样可以避免使顶芽基部生根和出叶节受到损伤。留种的数量都应以整个球茎作种计算，一般每公顷750～825千克。
贮存慈姑种分为种球和顶芽两种。顶芽留种贮存，切取时要带球茎组织，不要光切芽，切好排成薄层在阳光下略晒1～2小时，晒干表面水分后贮藏。100千克种球可切取顶芽12～15千克。种球贮存要带泥，不用洗净。
