五、施用技术不明确
由于水产养殖环境复杂，施加的微生态制剂受到水型、微生物、藻类、温度、各种有机物等多种因素影响。如养殖水体的水型较为复杂，有海水、内陆盐水、淡水之分，也有按盐型的不同划分的盐酸盐型、碳酸盐型、硫酸盐型、硝酸盐型等水型。微生态制剂对养殖水体的生物修复存在一些局限性，每一种微生物都有其特定的生存适应环境要求，微生态制剂中的特定有益菌只能降解特定类型的化学物质，并不是每一种微生态制剂都适用于所有养殖水体环境，并不能降解所有养殖环境中的有毒有害物质。现今水中微生物生态情况与水产养殖之间的关系和规律还不清楚，还需要进一步探索。测水施用技术不明确，对于不同水型中不同微生物种的配伍、用法与用量等技术内容不完善，难以确保使用的有效性。
六、应用对象和环境限制一些微生态制剂产品，在严格试验条件下，微生态制剂有显著的作用，但在大规模养殖条件下的结果差异很大。对于微生态制剂的不同施用对象的毒力变化、施用后对养殖环境的影响、对宿主的有害作用及致病性问题等都没有进行深入研究，因为有些菌为有条件致病性，可能无毒或无致病性的分离株在释放入环境或用到宿主后发生变异，从而产生致病能力，这一点往往容易被忽视。
对水产微生态制剂行业发展的建议
一、理顺关系，加强管理
针对现阶段我国水产养殖用微生态制剂产业状况，在管理方面应主要加强以下几方面：一是理顺关系，加强协作，摒弃部门观念，从实际需要出发，逐步建立起合理的水产养殖用微生态制剂管理体系和管理制度。二是针对水产养殖用微生态制剂的特点，完善相关法律法规和标准化体系建设，明确水产养殖用微生态制剂的质量认证、企业生产和经营资格认定、产品市场准入、质量监管等管理办法，逐步规范企业行为。
二、加强基础研究，开展联合科研攻关
要加强对微生物群的作用特点和优化养殖水域生态结构的研究，使养殖活动良性循环发展，才能取得更大的经济、社会和生态效益。长期合理地应用微生态制剂必定会使养殖水域形成有益微生物菌群的生态优势，起到促进养殖活动健康发展的良性循环作用。为确保我国水产养殖业的健康持续发展，减少化学试剂及药物的使用量，降低养殖水产品中的药物残留，提高养殖水产品的质量安全水平，国家和相关部门应加大这一领域的科研投入，加强相关基础理论的研究，不断深化学科建设，最终实现精确施用或测水施用。
三、完善质量检测，严格控制产品质量
目前，我国水产养殖用微生态制剂的使用量较大，大多企业都是根据自定标准开展生产经营活动，大多数企业内部的质量自控能力较差，而且各企业间同种产品的质量水平也相差距较大。因此，建议有关部门尽快组织统一的产品质量标准、质量检测技术规范、确定有有资质的质量检验检测机构和监督检查机构，确保产品质量和使用效果。
四、建立健全养殖水质和底质调节用投入品的管理机制
水产养殖有别于畜牧业养殖，因其以水体为基本养殖环境，养殖水体质量的好坏直接关系到养殖生产的安全和养殖产品的质量水平。微生态制剂作为水质调节和环境改良用的主要投入品（有人称非药品）既不同于药物，又不同于化学试剂，因此，对其管理也应有别于兽药，应尽快建立起有针对性的管理机制，如注册登记制度、市场准入制、对环境影响评价制度等，防止滥用或不合理使用，避免对养殖环境造成负面影响。
五、成立协作组，强化行业自律
在水产养殖中使用水产用微生态制剂受到基础研究薄弱、施用技术不明确、生产工艺落后等多方面的影响，可能对水产养殖环境带来一定隐患。现阶段，水产用微生态制剂行业管理严重滞后，为了促进水产养殖用微生态制剂行业健康、持续发展，必须动员水产用微生态制剂行业各方面力量，而这其中生产企业和科研单位尤为重要。因为我国的水产养殖用微生态制剂生产企业普遍规模偏小，技术力量薄弱，经济实力不强，难以单独承担新产品研发的实力，应该通过一定的组织形式，充分调动企业联合资金优势，组织科研部门参与其中，利用科研单位技术优势，开展基础理论和应用技术以及相关标准制定等工作，通过成立这种技术协作组的方式，架起企业和科研单位沟通的桥梁，促进生产企业调整产品结构、提高产品档次和推动产业升级。与此同时，为保护水产用微生态制剂生产企业行业利益，通过组织各企业规范自身生产、经营、使用行为，促进信息交流，加强行业自律。
