二、基础理论研究薄弱
到目前为止，我国的水产养殖用微生态制剂的研究大多仅限于应用效果方面，缺乏系统性和深层次的研究，在菌种选择、施用条件、施用方法和施用量、菌种间相互作用、配伍的和谐性、作用机理、对环境的影响形式和影响程度、菌体保活技术、菌体回收和消除技术等方面的研究严重滞后。此外，水产养殖用微生态制剂的生产工艺落后，质量可控性方面也缺少深入研究。虽然已有许多种微生态制剂应用于水产养殖业，但大多数是为陆生动物设计，有的菌种并不适应水产养殖动物的生物特性和养殖环境。对于复合微生态制剂而言，相互配合使用可以产生协同功效，但一旦使用不当，也可能产生副作用。在具体选用菌种上，如何选择安全、无毒副作用的菌株，并且保证这些菌株在长期使用后也不会突变成为对水生动物、环境有害菌株，更加值得研究。
此外，作为饲料添加剂用的微生态制剂保活技术也没有得到解决，严重地影响了微生态制剂的饲料添加有效性。因为在饲料中使用活体微生态制剂会受到很多因素的影响，如动物种类、不同的生长阶段和生理状况、饲料的加工过程和运输方法等，这些因素都影响活菌微生态制剂的使用效果。
三、生产企业规模小，恶性竞争日益加剧
目前水产养殖用微生态制剂生产厂家大致可以分为三类：第一类是通过GMP认证的正规渔药生产企业，拥有正规的生产车间和较先进的生产设备和检测设备，管理也比较严格，这类企业在生产渔药同时生产水产用微生态制剂。第二类是未通过GMP认证的渔药生产企业，这些企业原本就是渔药生产企业。按照农业部公告要求，必须在2005年底前完成GMP认证，这些企业因为企业不达标，未能通过GMP认证，失去了继续生产渔药资质，从而企业转向以生产水产养殖用微生态制。
剂为主的“非药品”生产经营，以达到继续经营的目的。第三类则就是生产诸如水产用微生态制剂的一些生物制剂企业，随着生物科技的广泛应用，这类企业发展势头很好，一些生产企业达到了相当规模，但这类企业中的大部分生产技术水平落后，对产品只是简单的分装或进行简单的复配，属于典型的作坊式生产，产品质量不可靠，而把主要精力放在市场营销上。无论是渔药行业还是水产用微生态制剂都是近年来才得到快速发展，大部分企业资金短缺，生产条件简陋，生产规模也很小，企业无法形成规模效益，产品的重复性生产问题很突出，如产品雷同，科技含量低。行业内的恶性竞争日益加剧，个别企业甚至以牺牲质量为代价，生产假劣微生态制剂。水产养殖用微生态制剂市场的恶性竞争和混乱等不但制约了水产养殖用微生态制剂行业的健康发展，也严重扰乱了水产养殖用微生态制剂市场的正常秩序，也给监管工作带来一定难度。
四、质量监管水平与水产微生态制剂行业发展不相适应
由于管理体制和机制上的问题，我国的水产用微生态制剂行业管理和使用指导工作较为滞后，目前还没有建立起适合渔业生产特点和要求的管理体系，致使水产养殖用微生态制剂的质量监管水平和行业的发展还不是很适应。主要表现在以下几个方面：一是水产养殖用微生态制剂部门职能划分不明确，缺乏完善的管理规章，导致水产养殖用微生态制剂管理混乱。目前对水产养殖用微生态制剂开展直接管理的是各地质检部门，管理也主要集中在审批环节。所谓审批也就是各企业在将产品生产标准在该部门备案，即获得生产资格。这些标准完全由生产企业组织制订，标准制订的随意性太强，很多企业申报水产养殖用微生态制剂也未提供应用试验报告。很多水产用微生态制剂，目前是以“非药品”的名义在市场上流通。兽药部门限于管理权限和专业知识，也未能对经审批水产用微生态制剂实施管理。而水产部门又无涉足，因而出现了管理上的真空。二是由于缺乏完善的行业标准，检测手段也不完善，产品的标准和检测方法很混乱，水产养殖用微生态制剂不标识主要成分，难以进行质量监验；任意扩大作用和用途，用法与用量含糊不清或千篇一律，导致目前市场上微生态制剂产品参差不齐，为伪劣水产用微生态制剂的出现提供了机会，个别企业产品实际活菌量和产品标识差别很大。四是在现阶段管理不完善情况下，缺乏行业自律，企业间价格差异较大，导致企业间不良竞争。
