淤泥中存在大量的细菌，在淤泥表层一般是好气性细菌占优势，在淤泥中由于氧气缺乏，则以嫌气性细菌占优势。在水体和淤泥中进行的一系列氧化还原过程，淤泥中以还原过程占绝对优势，由于在池水中有一定数量的氧，所以在水和淤泥邻接处可以观察到氧化过程的急剧上升。淤泥表面以下数厘米的深处，氧化还原过程就大大降低，这里是许多嫌气性细菌生长发育的适宜场所，愈往深处，氧化还原过程愈低。
淤泥对水质和养殖鱼类有很大的影响，主要表现在以下两个方面：（1）起供肥、保肥和调节水质肥度的作用。淤泥中含有大量的有机物，包括处在不断分解过程中的非腐殖物质和比较稳定的腐殖物质。淤泥中还含有大量的无机营养成分，它们大多被吸收固定，有的呈有效状态。这些物质经细菌分解和在适当条件下被交换释放，可源源不断地供应水中以氮、磷、钾等养分被浮游植物等吸收利用。当池塘大量施肥后，淤泥中的胶体物质能吸收一部份有机物和无机盐类，暂时保持住这些肥分，然后在适当条件下再逐渐被交换释放至水中，供浮游植物利用。因此，淤泥在这里起着一定的保肥和调节的作用。新开池塘施肥后肥度和水质不够稳定，变化较大，主要就是缺乏足够的池塘淤泥对肥料起缓冲、调节作用。淤泥能吸收磷酸、铵、钾等离子，但不吸收硝酸离子，因此施硝酸态氮肥、淤泥不能吸收保持。淤泥中以及水中的胶体对磷酸盐吸收特别强烈，施磷肥后不久大部份磷肥被胶体吸收，释放到水中，因此池塘施无机磷肥有明显的“后效性”，即施肥后第二、三年仍有肥效。但在石灰质过多的池塘，磷酸容易与钙生成难溶于水的磷酸钙沉淀。在酸性过强的池塘，则容易与磷酸生成更难溶解于水的磷酸铝、磷酸铁沉淀。由于这些作用，使有效磷变为植物不能吸收利用的形式，而使磷肥受到损失。（2）淤泥过多容易恶化水质造成缺氧死鱼和发生鱼病。池塘淤泥过多，水中有机质也多，大量的有机物经细菌作用，氧化分解，消耗大量氧，造成缺氧状态。在缺氧条件下，产生较多的还原性中间产物，如一氧化碳、二氧化碳、氢、有机酸、低级胺类、硫酸等，这些物质大都有害，它们在水中累积，会影响鱼类的生长。另外，池塘淤泥过多，易使水质恶化，酸性增加，病菌容易大量繁殖，同时在不良环境中，有害物质容易造成鱼类慢性中毒，如麻痹、窒息，鱼体抵抗力减弱，容易发生鱼病。
如果池塘的淤泥过多，必须要进行清淤。清淤的措施主要有以下几种：1.排干池塘水，挖除过多的淤泥。池塘在养殖一个周期后（3年）干池一次，排水后挖去池塘过多的淤泥。池塘一般保留20厘米左右的淤泥层较为适宜。2.让池塘底日晒和冰冻。池塘排干水，让池底接受充分的风吹日晒，或经过冬季的冰冻，对改良底质有良好效果。3.施放石灰。池塘排干水后施放石灰，主要有以下的作用：（1）杀灭潜藏和繁生于淤泥中的鱼类寄生虫、病害菌和对鱼类有害的昆虫及其幼虫等。（2）由于碱的游离，可以中和淤泥中的各种有机酸，改变酸性环境，使池塘呈微碱性反应。（3）钙离子浓度增加，PH值升高，可使被淤泥吸收固定的营养盐交换释放，增加池水肥度。（4）可提高池水的碱度和硬度，增加缓能力。4.养鱼与作物轮作。如果干池期较长，又缺水源，可考虑把养鱼和农作物联合起来，进行轮作。这有以下几个好处：（1）池底种作物时淤泥可更充分地干透，靠陆生作物生长的根部使土壤充以空气，有利于有机物的矿化分解，更好地改良。（2）作物本身有经济价值。（张金宗）
