孵化期间胚胎的死亡率并不是随机分布于整个孵化期的(Hutt和Pilkey,1930；Insko和Martin,1935；Christensen,1978；Lerner等,1993；Krueger,1994)。孵化期有两个死亡高峰。孵化第一和第三阶段胚胎死亡率高于第二阶段。鸡胚胎早期死亡集中于入孵后第2－4天，火鸡则为第3－6天。
在漏斗部受精后胚胎即开始发育(Fasenko,1992)，并在随后的24－26小时在母鸡体内41.5℃的环境下继续发育。胚胎的最初发育叫系统发育(phylogenesis)，因为在这些阶段各种动物的胚胎结构是相同的，难于区别。接下来的阶段叫个体发育(ontogenesis)，因为此时决定了胚胎将发育成何种动物。本文要讨论的是系统发育阶段和个体发育的早期阶段。
一、影响胚胎存活率的因素
如果是理想状态的话，每一枚受精卵都能健康孵化，但实际上是做不到的。影响胚胎存活率的因素有很多，实际情况非常复杂。比如，致命的染色体异常(Shook,1969)，蛋中营养不足(Byerly,1932)，蛋储存时的条件不能达到胚胎发育的要求(Meijerhof,1992)等。表1汇总了影响禽类胚胎发育存活的因素。
| 胚胎发育阶段 | 可能的因素 | 可能的机制 |
| 产 卵 期 |
遗传 | 遗传差异 |
| 母鸡年龄 | 产蛋间隔 | |
| 产蛋时间 | 蛋在输卵管的时间 | |
| 蛋重、蛋品质 | 母体效应 | |
| 体温 | pH、蛋白、二氧化碳、胚胎代谢、化学、物理性质 | |
| 蛋 储 存 期 |
蛋的类型 | 遗传 |
| 蛋巢类型 | 蛋的冷却率 | |
| 集蛋速率 | 蛋的冷却率 | |
| 蛋内容物的导热值 | 蛋的冷却率、CO2逃逸 | |
| 蛋品质 | 蛋壳的气孔 | |
| 储存时间 | pH、CO2化学 物理性质 | |
| 温度 | 化学、物理性质 | |
| 湿度 | 未详 | |
| 孵 化 期 |
化学、物理性质 | 温度 |
| 湿度 | 化学、物理性质 | |
| 通风 | 化学、物理性质 | |
| 翻蛋 | 膜粘连、血管形成 |
