大豆应在叶子普遍落地、秸秆全部发黄、豆角开裂之前进行收割。过早收割，不利贮藏。如果有豆角开口，说明大豆成熟期已过，应选择早、晚时间，抓紧收割。
大豆收获后，应立即干燥降水。带荚曝晒既能充分干燥，又能防止豆粒破皮变皱保持良好颜色、光泽、发芽力，减轻贮藏中走油和酸败。当大豆含水量在12.5%以下时，即可入仓房或容器贮藏。贮藏前，先铺垫苇席、草袋片、塑料薄膜、油毡等防潮隔湿材料。贮满后应将仓房或容器趁冷密封，使大豆处在干燥、低温的环境中。
大豆中的蛾类害虫一般在粮面以下10厘米左右的范围内活动，采用沙压密闭的防虫方法效果很好。具体做法是，在粮面上铺废旧面袋或编织袋，上面压3厘米左右晒干的沙土，要把边角压严实。如果沙压不方便，经常翻动大豆，也能防止害虫滋生，但不及沙压效果好、时间长。沙压还可隔热、防潮，防止大豆变色、走油。
大豆在贮藏中，如温度过高、接触空气过久，常出现子叶变红、走油现象，这是由于蛋白质和脂肪劣变引起的。因此，贮藏大豆时，应放在干燥、通风、气温低且阳光不能直接照射的地方。仓房或容器贮藏时，应把大豆放在下面，上面放其他粮食。
