大棚栽培果树，因其生态环撞与露地不同，随时都可能发生病虫危害。因此，果树在大棚生长期间，必须科学地使用农药，以有效地防治病虫害。
1.选药要正确.每种农药各自有一定的防治对象和防治范围，因此，应根据棚内病、虫发生的症状及表现，确定是何种病害或虫害，并据此正确选用农药，做到准确用药治病、治虫。此外，交替使用不同作用机制的不同类型农药，以免病、虫产生抗药性。
2.用药要适时。适时使用农药防治病虫害，应本着治早、治小、治了的原则，在病虫发生初期就要及时用药防治。不宜在棚内湿度大或温度高的情况下(如阴雨天)施用农药，以免降低药效。应特别注意，在高温情况下不能使用硫制剂农药(如石硫合剂) ，若在高温时使用浓度过大的石硫合剂防治苹果病虫害，叶面会出现红褐色烧伤斑，果面出现革状紫褐色斑，不仅影响果实外观，甚至引起果树落叶。
3.用药要安全。一般选用高效、低毒、低残留的农药，以防因用药不当而导致果树遭受药害，切忌随意加大药液使用浓度，用药次数也不能过多。严禁使用剧毒、高毒、高残留、致癌、致畸、致突变和具有慢性毒性的化合物，如福美砷、赛力散、久效磷等农药。应尽可能使用生物源农药和矿物源农药。棚栽果树无论是拱形棚或是一面坡式大棚，棚内所栽果树植株高低有别，喷药量也应有别，以防喷药过量造成药害。
