不同的临床型有不同的病理变化特征。
呼吸型：幼雏主要病变表现为鼻腔、喉头、气管、支气管内有浆液性、卡他性和干酪样（后期）分泌物。上呼吸道因此会被水样或黏稠的黄白色分泌物附着或堵塞。鼻窦、喉头、气管黏膜充血、水肿、增厚。气囊轻度混浊、增厚。支气管周围肺组织发生小灶性肺炎。如伴有混合感染，还可见到呼吸道发生脓性、纤维素性炎症。产蛋鸡则多表现为卵泡充血、出血、变形、破裂，甚至发生卵黄性腹膜炎。若在雏鸡阶段感染过IB，则成年后鸡的输卵管发育不全，长度不及正常的一半，管腔狭小、闭塞。呼吸系统的病理组织学变化可见气管、支气管黏膜的纤毛脱落，上皮细胞变圆和空泡变性，严重时会脱落。黏膜固有层内出现不同程度的充血、水肿和炎症细胞浸润。早期主要为异嗜性白细胞，随后则以淋巴细胞和浆细胞为主。生殖系统的病理组织变化表现为输卵管黏膜上皮细胞变性，纤毛变短或脱落，分泌细胞减少，黏膜层内炎性细胞浸润及粘膜基质的纤维化。卵泡颗粒膜细胞呈树枝状增生，卵泡溶解。子宫部的壳腺细胞变形，固有层腺体增生，并有较多淋巴细胞浸润。
肾型：主要病变表现为肾脏苍白、肿大、小叶突出。肾小管和输尿管扩张，沉积大量尿酸盐，使整个肾脏外观呈斑驳的白色网线状，俗称“花斑肾”。在严重病例中，白色尿酸盐不但弥散分布于肾表面，而且会沉积在其他组织器官表面，即出现所谓的内脏型“痛风”。发生尿石症的鸡除输尿管扩张，内有砂粒状结石外，还往往出现一侧肾高度肿大，同时另一侧肾萎缩。病理组织学病变方面表现为肾小管上皮细胞肿胀变性，甚至坏死脱落。管腔扩张，内含尿酸盐结晶。肾间质水肿，并有淋巴细胞、浆细胞和巨噬细胞浸润，有时还可见纤维组织增生。
近年来，有关传染性支气管炎病毒变异株引起肌肉、肠道，甚至腺胃等非呼吸、生殖和泌尿系统的组织、器官发生病变的报道不断出现。但其中大部分尚待进一步证实。因为现有的研究数据表明，除IBV毒株本身的致病作用外，环境中的一些诱因（如寒冷、饲料成分不当、滥用药物、多种病原混合感染等）对传染性支气管炎病变的表现形式和严重程度有很大影响。如果将异常的临床表现或病理变化都归究于IBV毒株变异本身，则容易对诊断和防制工作带来不利的影响。
根据本病的临床特点、病史、症状表现和病理变化，可作出初步诊断。确诊则需要借助于病毒学、血清学和分子生物学等一系列实验室检测方法。
（一）病毒分离 常用于病毒分离的材料包括病鸡的喉头分泌物和泄殖腔内容物（用无菌棉拭子蘸取）、气管、肺组织和肾脏等。将新鲜病料（组织块需磨碎），按1∶5～1∶10加入灭菌磷酸盐缓冲液制成组织悬液，离心取上清，加适量抗生素于4℃冰箱内感作2h～4h。然后接种于9～11日龄SPF鸡胚或非免疫健康鸡胚的尿囊腔内，37℃孵育36h～48h，取出部分鸡胚，收获尿囊液进行血清学或分子生物学检测，其余鸡胚继续孵化6d～7d，观察胚体变化。如病料中有传染性支气管炎病毒，则部分鸡胚在接种后3d～5d发生死亡，胚体比同日龄正常鸡胚矮小，卷成球形，又称“侏儒胚”。羊膜及尿囊膜增厚，胚体充血。初次分离的野毒往往要经过鸡胚盲传2～3代后，才能见到明显和规律的鸡胚病变。此外，也可通过鸡胚气管环培养法分离IBV。
（二）病毒鉴定
1.干扰试验 IBV在鸡胚中能够干扰NDV-B1株（即新城疫II系疫苗株）产生血凝素，因此，可利用这种方法对IBV进行鉴定。具体做法是：取9～11日龄SPF或无母源抗体的鸡胚10～20只，分成两组。其中一组先通过尿囊腔内接种经无菌处理的病料，每只鸡胚0.1ml，另一组作为对照，不接种。孵化10h后，两个组同时经尿囊腔途径接种含NDV-B1株的鸡胚尿囊液，每只鸡胚0.1ml。继续孵化36h～48h后，把两组所有鸡胚置4℃冰箱内4h以上，然后逐只收获并测定尿囊液的血凝效价。若病料中确实存在传染性支气管炎病毒，则该组鸡胚有50％以上的血凝效价在1:20以下，而对照组的鸡胚则有90％以上的血凝效价在1:40或以上。整个试验要严格按上述规定时间去做，否则干扰作用就会减弱或消失。
