危害茯苓的病害虫有很多种，其病原菌主要是木霉、青霉、曲霉等真菌，它们主要危害料筒。另外，软腐病主要危害茯苓子实体(长成的大茯苓)。
预防方法是：备料时将料筒先在地下垫枕木后码起，下雨前，最好在料筒上盖地膜或稻草，以防被雨淋湿。在栽培前一天，用0.1%高锰酸钾溶液或1：800的多菌灵悬浊液(水液)；将所有料筒喷雾一次，以杀死真菌孢子或菌丝体。如果发现长成的大茯苓表皮软腐，应及时采收加工。
危害茯苓的害虫也有很多种，但最大的天敌是白蚁。可以说，能否防治白蚁，是茯苓栽培者能否获得栽培成功和效益的首要条件。
白蚁的防治方法介绍。
1、隔年诱杀法
如果您想把某一块农田准备拿来作为明年的茯苓栽培场所，那么，今年立夏过后，您在这块田中等距离挖3～5个0.5m3的小坑，坑中放入干枯的松枝，用水泼湿，掩土，过半个月后，扒开覆土，如果发现有白蚁活动，您就用“灭白蚁灵”(广西产)粉剂涂撒在白蚁身上，那么，白蚁便会中毒相互传染，最后倾巢死亡。这便为明年栽培创造了良好的条件。
2、加呋喃丹防治法
这是一种在栽培茯苓时另加农药呋喃丹防治白蚁的方法。在栽培茯苓时，先在栽培场地分厢栽培时，每隔1尺远挖深约15cm的小坑，坑中放入枯松树枝和干松毛，同时放一块大拇指大的茯苓菌种，并在松枝松毛周围均匀地、轻轻地放上10克呋喃丹(颗粒)，最后盖土。覆土后，按前面方法栽培。
第七节 采收与加工
从栽培之日起，到了第二年的九月～11月份，这两个月是茯苓的成熟期。
判断茯苓是否成熟的标准是：如果茯苓的裂痕(裂口)愈合，不见白色苓肉，表皮颜色变成黑色，就表明茯苓成熟，即可采收。如果茯苓表皮仍有裂痕(裂口)，清晰可见白色苓肉，表皮仍呈棕红色，幼嫩，就表明茯苓仍未成熟，让其继续生长。
茯苓采收以后，先要将其表皮的泥土用净水清洗干净，待表皮的水份挥发后，迅速送迸发汗室发汗。所谓“发汗”，就是指将茯苓除去部分水份，干燥缩身的过程。
只要有门窗的普通民房就可以做发汗室。将室内打扫干净，后用0.1%的高锰酸钾溶液喷雾于室内的地面、墙壁，达到消毒的目的。室内干燥后，发汗室就建成了。
在室内铺一层厚3cm，宽1.5m的稻草，把洗净干燥的茯苓分5层堆放在稻草上，茯苓上再铺15cm厚的稻草，过5天后第一次将茯苓翻堆，再上、中、下交换堆放，过5天再翻堆一次，直到茯苓表皮出现白色瘤状物、表皮皱缩、松软、一撕即开结束。在“发汗”过程中，每隔3天，打开门窗透气20分钟。
此时，把“发汗”结束的茯苓逐个拿出，将茯苓表皮全部撕掉，根据用户需要，切成小块，晒干或烘干，即成商品。晒干或烘干的茯苓片，就可以作为商品销售了。
