在当前无公害蔬菜生产中，微生物肥料具有增产、改善品质的功能，还有显著减少蔬菜体内硝酸盐，亚硝酸盐和重金属含量，提高化肥利用率以及培肥土壤等作用。要使微生物肥料在无公害蔬菜生产中真正发挥增产增效环保的作用，不仅要让生产者了解微生物肥料的特性和种类，还必须采取以下相应的对策：
1.在有效期内选用质量有保证的产品 根据其对改善作物营养元素的不同，可分成根瘤菌肥料、固氮菌肥料、磷细菌肥料、钾细菌肥料、复合微生物肥料等五类。在选用这些肥料时，一是要注意产品是否有严格的检测登记程序，是否有农业部颁发的生产许可证（以1996年后为准）。二是最好选用当年生产的产品。因为微生物肥料有效朋一般标明1～2年，但是产品中有效微生物数量是随保存时间、保存条件的变化逐步减少的。若数量过少，则会失效。特别是霉变或超过保存期的产品更不能选用。
2.妥善贮存，保证微生物在适宜范围内生长繁殖 要避免阳光直晒，防止紫外线杀死肥料中的微生物。微生物肥料贮存的环境温度以 15～28℃为最佳。
3.巧妙搭配有机肥等肥料，禁止与土壤杀菌剂混用 微生物肥料与有机肥混合沤制（但要严格控制高温），更能起到增效作用。要限制单一化学氮肥，配合使用复合肥、叶面肥、CO2气肥，这样能更有效控制硝酸盐、亚硝酸盐含量。在蔬菜整个生育期内也应避免使用土壤杀菌剂。要在播种前作好种子处理，防止给种子杀菌消毒过程中降低微生物肥料肥效。最好不用带种衣剂的种子播种。
4.合理利用农业技术措施，改善土壤环境条件 微生物的活动和繁殖对土壤的温湿度、酸碱度和土壤通气状况要求较严格，同时还要求土壤中能源物质和营养供应充足，从而发挥肥效互补。因此，土壤要采取深耕翻措施，搞好中耕耙耱，作好排涝防旱工作。还要抓好秸秆还田，增施有机肥等措施，始终保持耕作层的碳源充足和疏松、湿润环境，从而发挥微生物肥增产增效的肥力作用。
5.严格操作规程，因地制宜，采取恰当的施肥方法 各种微生物肥料在使用中所采用的拌种、基肥、追肥等方法，应严格按时使用说明书的要求操作。如根瘤菌肥：适宜于中性微碱性土壤，多用于拌种。每亩用量15～25克，加适量水混匀后拌种。拌种时及拌种后要防止阳光直射，播后立即覆土。剩余种子放在20～25℃阴凉处保存。若用农药拌种，可提前2～3周。固氮菌肥：特别适合叶菜类。作基肥应与有机肥配施，施后立即覆土；作追肥用水调成稀泥浆状，施后覆土；作种肥加适量水混匀后与种子混拌，稍后即可播种。“5406”抗生菌肥：浸件或拌种每亩用量500克；还可用菌肥7.5公斤（加入棉籽饼粉2.5～5公斤），碎土500～1000公斤，过磷酸钙5公斤，拌匀后覆盖在种子上。施时必须配施有机肥和化学肥料，忌与硫铵、硝铵混用，但可交叉施用。磷细菌肥：拌种时随用随拌，拌种量为1公斤种子加菌肥0.5克和4克水。不能与农药及生理酸性肥料一起施用。基肥每亩用1.5～5公斤，施后覆土；追肥宜在蔬菜开花前施用。钾细菌肥：作基肥与有机肥混施，每亩用量10～20公斤，施后覆土；拌种时加适量水，制成悬浊液喷在种子上拌匀；蘸根时1公斤菌肥加清水5公斤，蘸后立即栽植覆土，避免阳光直射。
6.根据蔬菜种类正确施用 如茄果类、瓜菜类、甘蓝类等蔬菜，可用微生物菌剂2公斤与667平方米育苗床土混匀后播种育苗，也可用微生物菌 2公斤/亩与农家肥或化肥混合后作底肥或追肥；西瓜、番茄、辣椒等需育苗移栽的蔬菜，可用复合微生物肥料穴施，每亩施入100公斤，也可与有机肥、化肥配施，施用时避免与植株直接接触，在苗期、花期、果实膨大期进行适当追施氮肥和钾肥；芹菜、小白菜等叶菜类，可将复合微生物肥料与种子一起撒播，施后及时浇水。
另外。需注意的是微生物肥料只是一种辅助增产肥料，不可替代化肥和有机肥，无公害蔬菜生产的施肥还应以有机肥为主。
