一是适时使用。
使用光合细菌的适宜水温为15℃～40℃，最适水温为28℃～36℃，因而宜掌握在水温20℃以上时使用。注意阴雨天勿用。
二是与肥配用。
在池塘施用粪肥或化肥时，配合施用光合细菌效果更为明显。尤其可避免化肥用量过大、水质难以把握的缺点，并可防止藻类老化造成水质变坏。
三是视水质使用。
要根据水质肥瘦情况使用光合细菌。水肥时施用光合细菌可促进有机污染物的转化，避免有害物质积累，改善水体环境和培育天然饵料，保证水体溶氧；水瘦时首先施肥再使用光合细菌，这样有利于保持光合细菌在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成本。此外，酸性水体不利于光合细菌的生长，应先施用生石灰，调节pH值后再使用光合细菌。
四是酌量使用。
光合细菌用于鱼池水质净化时，水温20℃以上期间，每立方米水体用2～5克光合细菌拌粉碎的干肥泥均匀撒于鱼池，以后每隔20天每立方米水体用1～2克光合细菌兑水全池泼洒。用于虾池水质净化时，水温20℃以上期间，每立方米水体用5～10克光合细菌拌肥泥均匀撒于虾池，以后每隔20天每立方米水体用2～10克光合细菌兑水全池泼洒。用于饲料添加投喂鱼虾时，以饲料投喂量的1%拌入，直接或加工后投喂（不受温度或压力影响）。用于疾病防治时，可连续定期使用，鱼池每立方米水体用1～2毫升，虾池每立方米水体用5～10毫升，兑水全池泼洒。
五是避免与消毒杀菌剂混施。
光合细菌制剂是活体细菌，药物对它有杀灭作用，不可与消毒杀菌剂同时使用。水体消毒后须经1周后方可使用，使光合细菌在水体中产生优势竞争性，抑制有害菌生长。
