蔬菜种子的种皮内外常带有严自病株或田间的病菌和病毒，这是蔬菜病害发生的最初侵染源。因此，播前对种子进行消毒处理是防治病害的重要一环，尤其是露地栽培。
1、温场消毒法
将种子放收6倍于种子重量的一定温度的水中浸烫，并不断搅动，使种子均匀受热，直至水温降到30℃时停搅。由于作物种子耐热力不同，所需水温也不同，用52℃-55℃的温水主要烫西红柿、辣椒、西葫芦和十字花科的种子，可防治猝倒、立枯、溃疡、炭疽、褐纹、疮痂、黑星、根肿、叶霉等病。75-80℃热水主要烫黄瓜、茄子、苦瓜等种皮较厚的种子，用热水烫10分钟立即捞出，即可杀死枯萎病和炭疽病病菌。
2、药剂消毒法
将种子放入适宜浓度的药液中浸泡而杀死附在种子上的病菌。常有0.1%的多菌灵（1000毫升水中放入50%多菌灵2克）溶液浸泡瓜类种子10分钟可防枯萎病；浸不包辣椒，茄子种子2小时可防黄萎病。用100倍甲醛稀释液浸泡10分钟可防西红柿、马铃薯的早疫病，褐纹病，豆科蔬菜的炭疽病，瓜类蔬菜的霜霉病和细菌性角斑病。用1%高锰酸钾溶液浸种20分钟可防辣椒、茄子的病毒病和溃疡病。用10%磷酸三钠溶液浸种20分钟可防茄科和豆科蔬菜的病毒病。1000克种子用3克福美双成品拌种可防茄子黄萎病、轮纹病、褐纹病和十字花科蔬菜的霜霉病、叶斑病。用1%硫酸铜溶液浸种5分钟可防辣椒疮痂病和西红柿枯萎病。无论哪种药剂消毒后都要用清水洗干净，以免影响种子的发芽率。
3、热力、药剂复合消毒法
将种子经温汤消毒后，再用药剂消毒互补可防多种病害。黄瓜、西红柿种经温汤后再放在0.1%的多菌灵溶液中浸泡1小时可防黄瓜枯萎、蔓枯、炭疽、菌核等病，西红柿的灰霉、斑枯、溃疡等病。茄子种热烫后再放入0.3%的高锰酸钾溶液中浸泡20分钟，可防黄萎病、绵疫病和褐纹病。此种消毒法仍需用清水冲洗干净。
