由于在金针菇出菇期不宜直接向子实体和料内喷水，一般采收2潮菇后培养料就严重缺水，很难再次出菇。
改变常规的管理办法，在金针菇出菇期适时加强肥水管理，可以出菇3～5潮，而且出菇整齐，菌柄粗壮，菌盖小而有光泽，无须搔菌。
金针菇菌丝体生理成熟后，将菌袋从发菌室移到棚内菇床上开袋催蕾出菇。移袋前，在菇床上铺薄膜，膜四周抬高2厘米，向膜内加入0.5厘米深的水。移袋后，在菌袋上面及四周覆盖黑色薄膜遮光，同时调节湿度，使膜内湿度稳定在90%，促使出菇整齐。第一潮菇采收后，向料内补充水分，并喷施营养液200克，促进第二潮菇出菇。第二潮菇采收后，培养料明显收缩，料与袋间出现空隙，后期易从袋底及四周出菇，金针菇质量会受到影响。可以向袋内补一次大水，每袋补水300克，促使培养料吸水膨胀，多余水分可淹没袋底，使袋底缺氧不能出菇，只能在料面出菇。如此处理后可再出3潮菇。
此外，金针菇出菇期还应加强通风，保证棚内氧气充足，湿度适宜。
