烟草苗床期常见的苗病至少有烟草炭疽病、烟草猝倒病和烟草立枯病3种。它们都是由不同属的真菌侵染引起的传染性病害，在苗床高温多湿或肥水管理不当的条件下发生尤烈，严重时可引起烟苗大片死亡，造成烟苗不足，影响大田生产。同时病弱苗移入大田后成活率低、生长衰弱、抗病力下降，而且还为大田期提供了病害初侵染来源。
烟草炭疽病自苗床至大田整个生育期均可连续发生，但以苗期危害最重。通常烟苗二片真叶期感病容易致死。叶片病斑初呈水渍状暗绿色小点，烟农俗称为“水点子”或“雨斑”，2－3天后逐渐扩大成直径为2－5毫米的圆斑。圆斑中部呈黄褐色至灰白色，稍凹陷；边缘明显，红褐色，稍隆起。有时斑面现轮纹或小黑点（病原真菌分生孢子盘）。在潮湿环境下病斑逐渐增多，扩大并相互联合，终至叶片焦枯，外观如火烧状，所以有的烟农称之为“烘斑”或“热瘟”。
烟草猝倒病可在幼苗生长的任何时期发生，也可危害大田烟株，但主要危害幼苗。病苗往往于接近土面的部分发生褐色水渍状软腐，幼苗环腐，卧倒地上。有时2－3叶期幼苗上虽无病斑，但由于根部腐烂，结果也使烟苗倒卧地上死亡。天气潮湿时，在近地面被害组织表面可见湿水棉花状的白色丝状物，此即为该病病原真菌（绵腐菌）的菌丝体。
烟草立枯病多见于苗床后期，发病部位为茎基部，初在病部表面出现褐色斑点，病斑逐渐绕茎扩展，被害茎基渐次变细，终呈显著的凹陷收缩状，病苗干枯萎黄而死，甚至倒伏。潮湿时病部可长出绢丝状的菌丝体，后期还可能见到由这些菌丝体缠结而成的乳黄色至茶褐色如菜籽状的圆形菌核。
要培育好无病壮苗，必须抓好下述几个方面：
1、选好苗床地，做好床土消毒
苗床应选择地势较高、排水良好、土质肥沃的砂质壤土的新垦地，并尽可能远离烤房、烟棚、菜园和烟茬地。温室或塑料大棚育苗必须选用无病土。对可疑带菌的土壤，应将床土充分翻晒后用药剂消毒。用福尔马林消毒的，必须在播种前2－3周进行，先将床土耙松，按每平方米床土用福尔马林50毫升加水18－36公斤（加水量视土壤干湿度而定）均匀淋洒后，用塑料薄膜密封床面3－5天，除去薄膜后将土再耙松，经2周左右待土壤中剩余的药液充分挥发后方可播种。用五氯硝基苯等混合剂配成毒土消毒的，可结合播种同时进行。方法：每平方米床土施用70％五氯硝基苯和50％福美双，或70％五氯硝基苯和70％代森锰锌，或50％拌种双和70％代森锰锌，或25％甲霜灵和70％代森锰锌混合剂（按1：1比例）8－10克，兑土10－15公斤拌匀。施毒土前先把苗床底土淋透，取1/3毒土均匀撒入畦面上，播种后把其余2/3的毒土覆盖在种子上面，使种子夹在毒土中间，防效明显，药剂残效可达一个多月。
2、播用无病种子，厉行种子消毒
此法对预防炭疽病尤为重要。应在无病田或无病株上采收种子，并用福尔马林50倍液或硫酸铜100倍液或硝酸银1000倍液消毒10分钟，用清水彻底冲洗后催芽或晾干播种。
3、加强苗床管理
苗床要平整，并预先开好排水沟，确保雨后不积水；避免施用未充分腐熟或混有病株残体的粪肥或土杂肥；适当密植，做到稀育苗、早间苗、育壮苗；用塑料薄膜拱棚育苗的应注意通风，控制好苗床温湿度；要少水勤浇，看苗施肥、勤施薄肥，善用叶面营养剂。
4、及时喷药防治
发病前可喷波尔多液进行预防。发病初期及时连续喷施50％克菌丹可湿性粉剂500倍液，或多氧霉素500倍液或80％炭疽福美可湿性粉剂500倍液，或75％百菌清和70％甲基托布津混合剂（1：1）800－1000倍液，或50％退菌特可湿性粉剂800倍液，或64％杀毒矾可湿性粉剂和70％代森锰锌可湿性粉剂混合剂（1：1）600－800倍液，或25％甲霜灵可湿性粉剂和75％百菌清（或70％托布津）混合剂（1：1）800倍液2－3次，隔10－15天一次。
