棉花在现蕾前所发生的病害统称为苗期病害，由于棉苗现蕾前叶片较少，根系尚不发达，在遇到低温阴雨气候时，病菌极易感染棉苗，轻者棉苗生长弱水，重者造成大面积死苗现象。所以苗病的识别和防治是夺取棉花高产的关键因素。
一、棉花苗期主要病害及症状
1.立枯病。病菌感染后，症状在接近地面的幼茎基部出现，开始呈现黄褐色的斑点，并日渐扩大，最后产生凹陷内缩，凹陷部位失水过多而成缴缩状，最后变成黑褐色腐烂、严重时可致枯死、
2.炭疽病。在茎基部或稍偏上部产生紫红或紫揭色条纹，逐渐扩展成梭形病斑，中间凹陷，严重时失水纵裂，最后可使幼苗枯死。
3.枯萎病。苗期枯萎病害在田间近几年发生也比较严重，一般以两种类型出现。①黄化型：子叶或真叶多从叶片边缘开始局部或大部分变黄，变黄的叶片逐步增多，叶片萎蔫枯干，脱落。②紫红型：子叶或真叶局部或大部分变紫红色或紫红斑，病叶叶脉也多呈紫红色，随之叶片萎蔫枯干，脱落或不脱落。
二、防治措施
除在播种期采取选用抗病品种、轮作倒茬、精细整地、适期播种等措施外，在苗期应及时采用以下措施：
1.雨后及时中耕。遇阴雨天气时，阴雨天过后能下地时及时中耕以增加土壤透气性，减轻病菌侵染。
2.早间苗，及时封土。棉苗齐苗后，进行间苗，一般每穴留苗2～3株，使土壤养分集中供给少数棉株，使棉苗生长健壮，间苗后及时封土，以提高地温，减少苗病发生。
3.化学防治。棉苗齐苗后，在遇到低温阴雨或寒流时，可用化学药剂喷施棉苗，以预防苗病大面积发生。一般可用50％多菌灵800倍液进行药剂防治。
