1.基质盐渍化现象基质盐渍化主要是由于基质电导率过高，如果遇到高温干燥的气候极易产生基质盐渍化。
主要表现；基质表现发白，有结晶状盐析粒出现。
控制措施：将育苗盘抬出营养池，采用浇水的方式淋洗基质中的盐分。
2.育苗中干穴现象
育苗过程中如果出现有些孔穴基质干燥不吸水，种子不出苗即为干穴。产生干穴主要是因为装盘时基质永分不够；基质装好后放了一段时间才播种漂盘；基质装填过松，造成在将漂盘摆放到漂浮池中基质从漂盘底孔漏出，孔穴中基质形成断层，造成水分不能正常吸湿到表面，从而影响了出苗。
控制措施：①装盘时控制好基质水分，不能过千；②现装现播，现漂盘；③装盘时一定要将孔穴内基质稍加压实，不能过松。
3.漂浮育苗过程中产生蓝绿藻漂浮育苗过程中产生蓝绿藻的的原因较多，①由于育苗棚中温湿度过大；②旧育苗盘消毒不彻底；③未及时揭出遮阳网；④育苗池和育苗盘不配套。造成营养液中产生蓝绿藻。
控帛措施；①做好旧盘的消毒工作，控制蓝绿藻产生的源头；②育苗池与育苗盘配套，育苗盘放在育苗池中不留空隙；③及时揭出遮阳网和通风排湿，保证阳光充足的照射和减小空气湿度；④产生蓝绿藻时可喷施多菌灵和0.5‰；硫酸铜进行防治。
4.漂浮育苗出现野火病、猝倒病、根腐病等病害
漂浮育苗管理过程中由于卫生程度或消毒不严格会导致产生野火病、猝倒病、根腐病等病害。
控制措施：发现病害时一定要确定病害，对症施药。特别是根腐病，可能是病菌引起，也可能是根腐线虫引起，根据确诊的病因进行对应药剂的施用即可防治。另一方面在剪叶管理时，要选择在下午叶片表面干燥的条件下进行，减少由于叶面潮湿更易导致剪叶伤口病菌感染引起病害。
5.烟苗缺素、病害、药害的正确判断
在育苗过程中常会遇见不明的症状，如果育苗棚内普遍发生，而且是在短时间内发生，首先从药害查找原因。
控制措施：主要察看前1～2天是否打过农药，农药喷雾哭器在打药前是否打过除草剂一类的药剂，用药浓度是否按要求配制等；其次再查找是否是缺素症奖或病害，一时不能确诊可采用分别喷施农药和对应所缺的营养元素，观察效果后确定。
