世界上的鱼类，其色泽之丰富，远远超过昆虫和鸟类。我们看到的那些五彩缤纷的鱼儿只不过是其中微不足道的一小部分。鱼类的体色如此丰富，是因为在真皮层和鳞片内有着不计其数的色素细胞。鱼类的色素细胞也分布在神经、血管周围以及体腔膜上。 孔雀鱼的基本色素细胞有四种：黑色素细胞、黄色素细胞、红色素细胞、光彩细胞。
1. 黑色素细胞
细胞呈星状，周围有许多突起，细胞内含有棕色、黑色或灰色的色素颗粒。黑色素会吸收所有的颜色的光线而呈现黑色，属于不溶性的蛋白质色素族。鱼类的体色变化受神经系统控制，体色的浓淡变化就是这些色素颗粒位移的结果。鱼的延脑具有亮化中枢，受刺激或健康不佳时全身黑色素细胞的色素颗粒集中于细胞中心而使体色变淡。在鱼的间脑具有暗化中枢，起着与亮化中枢相反的颉颃作用。黑色素细胞在鱼类中最为普遍。
2. 黄色素细胞
在鱼类中也如黑色素一样能普遍见到，构造也大致相仿。色素颗粒小。在透射光下呈淡黄色、深橙色，很密集时甚至呈红色。黄色素属于脂肪色素族。脂肪色素在光线下有些会迅速褪色。
3. 红色素细胞
在鱼类中较为罕见，大多见于热带奇异鱼类，其分布也是局部的。改造与黄色素细胞相似，红色素亦属于脂肪色素。
4. 光彩细胞
也叫反光体或虹彩细胞。细胞无突起，呈多边形或卵圆形，内含鸟粪素颗粒。鸟粪素有剧烈的折光作用，能反射出一种闪光的银白色彩。光彩细胞在鱼体上分布很多，因而鱼类常有银色虹彩。鳞片上的银白色也是这种色素产生的。光彩细胞还分布于体腔膜、鳔、眼球的银膜等处。由于孔雀鱼具有几种不同大小的光彩细胞，细胞内的鸟粪素颗粒在形状、排列和角度上也有所差异， 在光学作用下反射出特定颜色的光线，呈现出蓝、白、银、虹等不同色泽的虹彩。
以上四种色素细胞的相互配合，构成鱼体的各种颜色。孔雀鱼就是由黑、红、黄、蓝、白、银、虹等几种基本颜色构成了各种绚丽色彩。其中，黑、黄、红黑属于色素细胞，是自发性的颜色；而蓝、白、银、虹属于光彩细胞，是非自发性的颜色。
在孔雀鱼身上，不同的色素与光彩细胞的组合可以搭配出上述几种基本颜色以外的美丽色泽。例如，黄色素与蓝光彩细胞共同作用(一说是黑色素与黄色素细胞适当混合)呈现绿色；红色素与黄色素一起作用，呈现鲜艳的橘黄色到橘红色；红色素与蓝光彩细胞一起作用，则呈现紫色……
以上有关颜色的知识可以帮助我们理解孔雀鱼的发色和改良原理，进而更好地达到“做鱼”、“改鱼”的目的。例如，红尾礼服配黄尾礼服的子代中可能出现橘色尾的个体，尾鳍蓝中带绿的天空蓝礼服有可能曾用黄尾礼服改良等等。但是，仅仅知道这些还是不够，我们还需要对孔雀鱼的主要变异类型和其基因型做一定程度的了解才行。
