锦鲤稚鱼长到一定阶段时，必须从批量的群体中进行筛选。为了做好筛选工作，锦鲤稚鱼池的面积以2000平方米（3.0亩）左右为宜；因筛选工作是在盛夏，所以要选择在早晨进行，最迟也要在上午10:00以前完成，否则会因水温上升而引起意外损伤。进行拉网和筛选操作的前一天，应给池塘排水，降低水位。
昭和三色在孵化后7～15天就可以从“黑仔”（体长约1厘米左右）中予以筛选；大正三色在培育过程中会呈现墨黑色，有的虽是淡墨，但如果绯花纹较好者在筛选时还是以保留为宜。红白或大正三色等大约在孵化后40～60天可以做第一次筛选；有的在秋季时虽然呈现为淡墨，但到了立春时会变成艳墨；也有的要到2～3龄时才能变为乌黑，或者绯红变得更为鲜艳。筛选工作要掌握各种锦鲤的遗传特征，而筛选的准则是以育成何种质量的鲤鱼来定位的。
在第一次筛选中，凡是带有其品种遗传特征者，都要予以保留。之后，约经过20天，再做第二次筛选工作，按不同品种和规格分池放养，以提高锦鲤的成活率。
