秋天开始是一年中气温、水温最高的时候，应把池水尽量灌满，保持最深的水位。鳗鱼在本季度的耗氧量最高，而由于浮游植物的光合作用和呼吸作用，造成水中溶氧量昼多夜少，再加上其他争氧因素，那么在夜间到清晨防止鳗鱼缺氧浮头的工作至关重要，为要避免此种现象发生，夜间必须开动所有增氧机，做好增氧补给。每天适当换水，增加水体透明度。
在投饵方面要严格控制到9月，防止暴食。此阶段应防治赤鳍病、烂鳃病的发生和蔓延，及时用敌百虫等药物杀死锚头鳋、车轮虫及其他寄生虫。
在控制水质方面，应用生石灰调节酸碱度和严格控制浮游动植物的繁殖。至秋末，由于天气转凉，水温降低，浮游动植物的种类和数量随之发生变化，水色有所转变，应注意水质的调节和适量的追肥，此时应结合收获捕大留小。在投饵时应多添加维生素并适当多投饵料，增强鳗鱼体质，准备越冬。
