鳝种一般是来自人工饲养或笼捕野生的，鳝种要体表鲜亮，健康无病，游动自如。在捕捞、运输和放养过程中要尽量避免擦伤，以防细菌侵入发生赤皮病，症状为体表出血、发炎，以腹部和两侧最为明显，呈块状，需内服药和外用药消毒结合治疗。预防方法：鳝种放养时严格消毒，具体方法为100千克水中加50毫升水产苗种消毒剂浸洗30分钟，或用8％含碘盐水浸洗10分钟，然后放入清水中暂养1小时，再经清水洗一遍后即可放入箱中。
鳝种投放时间最好是3月底或4月初。放养鳝种量要做到适中，注意观察鱼池中浮游生物量的变化，一般每平方米放鳝种1.5千克，平均每尾20～35克。放入网箱内的鳝种要求同种规格，避免因摄食能力不同而导致生长的差异以致互相残食。
黄鳝的网箱养殖最为关键的阶段是放养后1个月内。这一时期是黄鳝改变原来的部分生活习性，适应新环境的过程。这一个月是黄鳝网箱养殖成败的关键所在，除应做好鳝种的消毒和驯化外，还应有效地控制疾病的发生。具体方法是用水体强力消毒剂和生石灰交替消毒，杜绝病原体的产生。
网箱黄鳝养殖的水域可以放入一些耐低氧和控制水质的鱼类。一方面可以活跃水体，促进水体流动，另一方面可以清理黄鳝养殖形成的残剩饵料和有机质。可选用的品种以鲫、鲤、鲢、鳙较好，每亩放25～50千克左右，具体数量可据放养规格决定。由于网箱养殖的水体溶氧降至3毫克/升以下是经常性的，虽然缺氧对黄鳝没影响，但放养的鱼类会缺氧死亡，因此要做好增氧工作准备。
