1， 新鱼缸没有硝化细菌的存在，因此用新缸养鱼缺乏定氮能力；
2， 治疗鱼病或长时间停电，导致硝化细菌大量死亡，鱼缸自净能力减弱
实际上硝化细菌分为两类。
第一类为Nitrosomonas，负责把水中的氨转化为亚硝酸盐；
第二类为Nitrobacter，负责把亚硝酸盐转化为硝酸盐。但我们习惯上把Nitrosomonas和Nitrobacter统称为消化细菌（Nitrifying Bacteria）。
消化细菌的繁殖周期为8小时左右。但我们必须理解到水中的化学成分、温度、水体污染和溶氧等因素对硝化细菌的定氮效率是有影响的，因此保持稳定的温度， PH 和水质对于水族箱内所有生物的繁衍就变得十分的重要。
光合细菌：光合细菌是具有原始光能合成体系的原核生物的统称。光合细菌（photosynthetic bacteria,简称PSB），是一群能在厌氧光照或好氧黑暗条件下利用硫化氢为供氢体，以二氧化碳为碳源，进行光合作用，把硫化氢转化为无害物质的微生物。同时也可净化亚硝酸盐和氨氮等有害物质，并提高溶氧量。光合细菌在水中繁殖时可释放出具有抗病力的酵素，可提高观赏鱼和水生生物的抗病力，明显减少发病率。光合细菌可作为观赏鱼的活性添加剂使用，它含有65%的蛋白质，氨基酸种类齐全，还含有丰富的B族维生素、生物素、辅酶Q等生理活性物质。可促进动物的生长发育，增强抗病能力，提高成活率。
光合细菌生命力较硝化细菌弱，因此培养时间相对要长一些。
几种实用的过滤器：
基本分有缸内过滤器、缸顶过滤、缸外涌形过滤。
罗汉鱼是一种吃得多拉得多的鱼，缸内过滤效果有限；桶形过滤清洁麻烦；缸顶过滤有足够过滤的空间，结构比较简单，在过滤及清洁管理上容易达到效果。过滤的材料有：物理滤材、化学滤材和生物滤材。
这三种滤材的摆放次序一般是从缸顶过滤来比喻：头三层是海绵物理过滤，第四层是化学过滤，第五层是生物过滤。
在清洁滤材时，只能清洁第一层或第二层的滤棉。因为过滤不单只是一个物理过滤，而且还能提供生物过滤效果，让硝化菌在里面繁殖。清洁过滤器的要点是把大型的脏废物从密封的系统中抽出来。减少系统的负担。但必须要注意到这个清洁不能把有用的硝化菌洗掉太多。所以，在我们清洁过滤棉时，每次只把第一层或第二层的过滤棉洗净，千万不要把所有材料都洗，以免把大量硝化菌洗掉，影响系统里面的生物过滤平衡。
