青贮饲料的二次发酵，又叫好氧性腐败。在温暖季节开启青贮窖后，空气随之进入，好氧性微生物开始大量繁殖。青贮饲料中养分遭受大量损失，出现好氧性腐败，产生大量的热。为避免二次发酵所造成的损失，采取以下技术措施。
一、适时收割青贮原料。如以玉米秸秆为主要原料，含水量不超过７％，霜前收割制作。霜后制作青贮，乳酸发酵就会爱到抑制，青贮中总酸量减少，开启窖后易发生二次发酵。
二、原料切短。所用的原料应尽量切短，这样才能压实。
三、装填快、密封严。装填原料应尽量缩短时间，封窖前切实压实，用塑料薄膜封顶。确保严密。
四、计算青贮日需要量。合理安排日取出量。修建青贮设施时，应减少青贮窖的体积，或用塑料薄漠将大窖分隔成若干小区，分区取料。
五、添加甲酸、丙酸、乙酸。用甲酸、丙酸和乙酸等喷洒在青贮饲料上，防止二次发酵，也可用甲醛，氨水等处理。
六、采用水贮
