最有效的预防措施是加强饲养管理、搞好环境卫生、减少各种应激因素。对于圈养的雏鸭，保持适当的通风换气，避免过度拥挤，减少炎热或寒冷的应激等。如果在网上饲养，应定期冲洗和消毒地面，避免粪便堆积，减少污染。受本病污染的鸭场，可在其易感年龄前2～3日用敏感药物进行预防，常用的有效药物有磺胺喹沙啉等。
对于全群发病的雏鸭每天用庆大霉素肌肉注射或用环丙沙星、氧氟沙星、氟甲砜霉素等治疗，辅助添加多种维生素和电解质，同时用消毒药对场地、用具进行彻底消毒，可使疫情得到控制。待病情稳定后再接种鸭疫里默氏杆菌灭活菌苗或弱毒菌苗，以提高机体的特异性免疫力。康复鸭对再感染有抵抗力。
在进行药物预防和治疗的过程中，应做药物敏感试验，以确定首选的敏感药物。同时各种抗菌药物应该交替使用，以避免抗药菌株的出现。
目前预防本病的菌苗有灭活菌苗、弱毒菌苗。另外，亚单位苗也在研制之中。
接种灭活菌苗可有效地预防和降低鸭疫里默氏杆菌感染的死亡率。由于鸭疫里默氏杆菌菌苗诱导的免疫具有型特异性，对异源菌无保护作用，因此一个理想的菌苗应包括主要流行的血清型菌株，以提供有效的免疫保护。Lagton和Sandhu（1984）报道，以1、2、5三个血清型制备的三价灭活菌苗，在小鸭1～2周龄或2～3周龄时免疫两次，可使70%～85%的免疫鸭得到保护，而且2、3周龄时免疫2次比1、2周龄免疫可获得更高的保护率。Sandhu（1979）用1、2、5血清型的研制的菌苗分别在10日龄和17日龄免疫两次可获得较高的保护率，但这种保护只能维持二周（第二次注射后），并且发现铝胶佐剂菌苗并不比无佐剂菌苗产生更好的免疫保护，而油乳剂菌苗则可产生足够的保护力，并维持到上市日龄，但在接种部位引起局部损害。Harty等（1979）对几种类型的鸭疫里默氏杆菌菌苗的免疫力进行评估，野外试验结果表明福尔马林灭活菌苗效果较好。鸭疫里默氏杆菌灭活菌苗普遍存在的缺点是保护力的持续时间较短。
在国内，高福等（1987）用1型鸭疫里默氏杆菌制备的福尔马林灭活菌苗和油乳剂菌苗对实验和野外感染均有较高的保护作用，但需进行两次免疫；苏敬良等（1992）研制出鸭疫里默氏杆菌铝胶灭活菌苗，同样需免疫两次才有较好的保护作用。
目前已研制成功1、2和5型鸭疫里默氏杆菌的活菌苗。1日龄雏鸭气雾或饮水免疫后对人工或田间强毒感染有明显的保护作用。一次免疫后，其保护作用至少可持续42d。菌苗株在上呼吸道增殖，刺激机体产生体液抗体反应。经气雾或眶下窦内感染证明菌苗株对1日龄雏鸭无毒力。
Tao等（1991）用免疫转印技术测定了血清10型和1型鸭疫里默氏杆菌分别有67KD和48KD两种具有免疫原性的蛋白质，并认为可能具有诱导保护性抗体产生的特性，所以它们可能是潜在的亚单位菌苗。Tan（1993）利用血清1型的1株单抗通过ELISA方法来监测其他各血清型鸭疫里默氏杆菌，发现鸭疫里默氏杆菌存在群反应性位点，并证实有免疫原性。这种具有免疫原性的群反应性位点给研制一种菌苗来抗几种血清型的鸭疫里默氏杆菌感染带来了可能性。福建农科院也在研制鸭疫里默氏杆菌无细胞外膜蛋白菌苗，实验室和临床小范围内的应用效果表明，保护率高达80%。
以活菌苗或灭活菌苗免疫接种母鸭后，子代被动免疫可持续约2周时间。
