台风和洪水不仅对养殖场和家禽的摧毁损失严重，还极大地促进病原体的传播，导致传染性疫病的广泛流行，尤其是一些人畜共患性疾病（禽流感，沙门氏菌病等）。因此必须做好灾后家禽疾病的预防，具体措施有以下几方面：
1．对病死禽及其排泄物的及时处理
①对淘汰的病禽与打捞的死禽及时进行焚烧或深埋处理，不得将死禽流入市场。受灾过程中，不少畜禽被水冲散、发病，发生大量死亡。死亡畜禽体内带有大量致病微生物，如不及时进行无害化处理，任其腐烂发臭，病菌会随水流、空气到处扩散，不仅污染环境，还容易引起人畜疫病大流行。（掩埋点须选在地势高、远离水源处。尸体选用10%漂白粉澄清液，按200毫升/平方米用量喷雾，用不漏水的油布包裹，1-2小时后掩埋，掩埋时再用漂白粉干粉20-40克/平方米的量洒盖于尸体上，深埋在2米以上。运输车辆、使用的工具，用1-2%的漂白粉澄清夜喷雾，1小时后方可作他用。）
②动物粪便堆导致水源的污染，招致蚊蝇的滋生和传染病的流行，对冲散的粪便及时清理，抛洒生石灰或倒入高浓度的石灰水（20％），及时提供饮水，防止家禽饮用污水。
2．搞好畜禽栏舍及场地消毒，消除传染源；灾后大量人畜粪便、垃圾、动物尸体等被冲入水中，淤积在道路和房前屋后，臭气冲天，随时可能引发传染病，必须开展大范围灭蚊、灭蝇和灭鼠工作，清除孳生地，切断传播途径。
洪水期间，粪池漫溢，死亡畜禽和各种污物随水流动，水源等环境受严重污染。同时，土壤中的病菌被洪水冲出来，也会引发疾病。为消灭环境中病原体，切断传播途径，预防和控制传染病流行，水灾过后要积极组织进行全面消毒，做到不留死角。
常用消毒药有：石灰水：用新鲜石灰配成的10%-20%的石灰水，可用来消毒场地，粉刷棚圈墙壁、桩柱等；烧碱：2%烧碱溶液可用来消毒棚圈、场地、用具和车辆等。过氧乙酸：2%-5%的过氧乙酸溶液，可喷雾消毒棚圈、场地、墙壁、用具、车船、粪便等；复合酚：复合酚100-300倍液适用于消毒畜舍、场地、污物等；百毒杀：用百毒杀3000倍稀释液喷洒、冲洗、浸渍，可用来消毒畜舍、环境、机械、器具、种蛋等；百毒杀2000倍液可用于紧急预防畜禽舍的消毒。
3．加强灾后疫病防疫工作，做好疫情监测和临床观察。面对严峻的救灾防病形势，加强疾病监测，注意各种传染病的发生、流行趋势及疫情动态，做到早发现、早报告、早治疗，对灾后家禽进行必要的预防用药和加强各种疫病的免疫接种，坚决预防灾后动物疫病和人畜共患疾病的暴发和流行。
①正值潮湿的梅雨季节，家禽容易发生禽霍乱、葡萄球菌病、大肠杆菌病、沙门氏菌病、曲霉菌病等疾病，另外，还要注意禽流感、新城疫、传染性法氏囊病、传染性支气管炎、小鹅瘟、副粘病毒病等的发生。在日常的饲养管理上应注意饲养密度要适宜，不用发霉或被霉菌污染的垫料和饲料。垫料应勤换；加强禽舍的通风，控制好温、湿度；食槽、饮水器要经常清刷；对鸡舍用0.3%的过氧乙酸进行带鸡消毒。
②对雏鸡要注意控制好育雏舍的温度、湿度以及通风换气工作，应特别注意预防球虫病及传染性支气管炎的发生，及时做好传染性喉气管炎及流感的首次免疫的工作。育成鸡和后备鸡，要及时做好预防投药及日常消毒工作，并及时投喂抗蠕虫药物，防止曲霉菌病、寄生虫病等病的发生，进行产前预防投药和驱虫，以缓解鸡体应激；产蛋鸡应定期带鸡消毒，做好大环境及鸡舍用具消毒工作，以防止家禽传染病的发生。
③加强灾后畜禽饲养管理，严禁饲喂霉变饲料，防止畜禽食用霉变饲料发生中毒。重点要加强肠道疾病（霍乱、痢疾、伤寒等）和呼吸道疾病（传支、传喉、新城疫等）的防治，通过在饲料中添加适量的抗菌素与中草药制剂等，努力降低灾后畜禽常见病的发生，把损失降到最低。
④在防治方面，应坚持“预防为主”的原则，最有效的措施进行免疫监测，对抗体滴度较低和未免禽及时进行注射相关疫苗，以提高其对疾病的抵抗力。注意传入养殖场新疫病的免疫接种工作。
