根腐病、菌核病、灰斑病是大豆三种主要病害，应及时采取措施防治。
根腐病大豆整个生育期均可发病。病初茎基部出现黑褐色病斑，并向上扩散至下部侧枝，病茎髓部变褐色，叶柄基部缢缩，叶片下垂。药剂防治可用种子重量0.3％～0.4％的58％瑞毒霉·锰锌或72％克露拌种。
菌核病7月下旬开始发病。病初茎秆上出现褐色病斑，以后病斑上着生白色絮状物和白色颗粒，最后白色颗粒变成黑色。纵剖病茎可见黑色菌核。药剂防治可用50％速克灵1000倍液，或40％菌核净1000倍液，或50％甲基托布津500倍液喷雾。
灰斑病6月上中旬开始发病，7月中旬进入发病盛期。7～8月份遇高温多雨天气发病重。主要危害叶片，严重时叶片上布满病斑，叶片过早脱落，造成严重减产。药剂防治除在播前用种子重量0.3％的70％敌克松或50％福美双拌种外，还应在大豆花荚期每亩用40％多菌灵100克加水30公斤喷雾。
