花卉球根在采收后，其内源的赤霉素水平均有所下降，脱落酸水平有所增加。随着贮藏时间的推移，上述情况会发生逆转，即球根内普遍出现赤霉素水平增加，脱落酸水平下降的情况。这时花卉球根的休眠期即将结束，它们随即就要开始进入新的生长阶段。研究表明，花卉球根的内源激素的变化受基因调控，因不同的花卉种类而各有差异，并为环境因素所左右。为了迫使这些球根继续保持休眠状态或促使它们提前萌芽，有时也可采用提高环境温度、施用植物生长物质等措施进行调控。
采收后的花卉球根其呼吸速率随着休眠程度的加深而逐渐减弱，这时为了降低球根内碳同化产物的过度消耗，将其尽可能地储存在低温环境中是很有好处的。因为随着环境温度的上升，花卉球根的呼吸速率也会随之提高，在持续高温的情况下。球根腐烂、品质下降等不良状况就会陆续出现，因此，通过降低环境温度来抑制其呼吸代谢是保证贮藏花卉球根获得成功的生理基础。
