对于嘉应锦鲤的鱼病防治与其他鱼类一样主要也是以预防为主，“防重于治”，应多观察养殖水体的水质变化和锦鲤的饮食活动情况，如有异常则要抽样进行检查，发现有病症要及时处理，对症下药以达到最好的效果。下面主要介绍几种嘉应锦鲤的常见病：
1．锚头鳋病
此病较易发生于春季水温较低的瘦水池塘，锚头鳋主要寄生在锦鲤腹部或鳍的根部，大量虫体钻进宿主肉中，病鱼食欲减退，鱼体消瘦，食欲减退，游动缓慢。
治疗方法：病鱼用0.2毫克/升的敌百虫溶液或3％的氯化钠溶液浸泡30分钟左右，池塘水体可通过施肥让水体变肥，在气温上升时降低水位快速提高池塘水温，这样就可又有效地控制锚头鳋繁殖。
2．水霉病
此病易发于冬季或早春季节，由于拉网起捕或其他原因的机械性损伤使鱼体感染水霉菌，症状：病鱼体表或鳍条上有灰白色如棉絮状的菌丝，鱼游动缓慢，逐渐消瘦直至死亡。
治疗方法：用浓度为1毫克/升的高锰酸钾溶液或2％的氯化钠溶液浸泡病鱼30分钟，另外用口服维生素E，每100公斤鱼每天用5～6克拌进饵料内投喂以增强锦鲤的抵抗力。
3．肠炎病
此病易发于夏季水温较高，由于摄食到变质饲料或投喂总量变化较大消化不良而引起，症状：病鱼食欲降低，行动缓慢，鱼体发黑，腹部肿大，解剖发现病鱼肠道充血糜烂，有些严重轻挤腹部有黄色积水渗出。
治疗方法：可在饵料中每公斤拌入大蒜素5克搅拌均匀投喂病鱼，连续3～5天。
