番茄不同品种不同生育期所需营养元素的种类、数量和比例各不相同。某种营养元素的缺乏或过剩，均会出现不良症状，甚至造成绝产。
氮素可促进番茄茎叶生长，叶色增绿，有利于蛋白质的合成。幼苗期缺氮时，植株生长缓慢，花芽分化少，茎细叶小，叶片薄而叶色淡绿，营养生长受抑制。开花结果期缺氮时，根系发育不良，易落花落果，畸形果多，下部功能叶片易黄化脱落，植株易早衰，结果期缩短。若氮肥适量，育苗期易形成徒长苗；开花结果期，茎叶徒长，叶大而叶色淡，顶端幼叶黄化，茎异常，造成结果不良，易出现空洞果和脐腐果，同时还严重影响对钙、硼的吸收。
磷能促进幼苗根系发育，花芽分化，提早开花结果，改善品质。番茄对磷的吸收虽不多，但对磷最敏感。幼苗缺磷时，生长受阻，茎细弱而呈紫红色，叶片小而硬，叶背面呈紫红色，不能进行花芽分化，严重影响后期产量的形成。开花结果期缺磷时，不仅影响产量，还会降低果实的品质。磷素过多也会出现畸形果。
钾可增强番茄的抗逆性，促进果实发育，提高果实品质。开花结果期，若土壤干旱，易出现缺钾病害，叶脉间失绿，进而发黄，呈花斑叶，严重时叶缘焦枯向下卷曲，褐斑沿脉间向内发展，叶表皮组织失水皱缩，叶面拱起或凹下，逐渐焦枯脱落。植株易早衰。多氮、缺钾、高湿易诱发筋腐果、空洞果，风味差。氮、钾肥用量过大，土壤干旱，抑制植株对钙、硼的吸收，脐腐果增加，严重影响果实品质。
番茄缺钙时，上部叶片变黄，植株生长受阻。顶芽易死亡，幼叶小，易变成紫褐色而枯死。叶曲，茎软弱，枝下垂。花序顶部的花易死亡，生长点、子房凋谢或萎缩，果实易发生脐腐病而变黑。根群较粗短，多分枝，常呈黑褐色。
缺镁植株中下部叶脉间失绿黄化，逐渐向全株叶片发展，只有主脉保持绿色，而小叶片周围常有一小窄条绿边。严重时叶脉间下陷，变色部位扩大，产生枯斑或死亡，果实小，产量低，质量差。
缺铁则从植株上部的幼嫩叶片开始，发生严重的缺绿病。顶端叶子先出现灰黄色的斑点，然后沿叶脉向外扩展，叶上部分发生枯腐或死亡现象。
缺硼茎的生长点变黑，顶芽死亡，后在生长点附近长出新枝叶，植株呈丛生状。顶端的枝条向内卷曲，发黄而易死亡。
缺锌则新叶特别小，呈黄色或具有花斑，俗称“小叶病”。
缺铜植株生长缓慢，叶片向内卷曲，失绿，茎叶丧失坚实性，不能形成花芽。枝条生长受抑制。根系发育不良。
缺锰严重时，植株生长受阻，既不开花，也不结果。
番茄的营养状况可以根据叶片分析值来判断。
在生产实践中，轻砂土和新垦土壤易缺氮；pH高的土壤易缺磷；重黏土易缺钾；轻砂土和泥炭土中钾易被淋洗面缺钾；钾、镁盐会抑制钙的吸收，在离子交换能力低的酸性土和砂土中易缺镁；微碱性的砂土易缺硼；通气不良的石灰质土壤易缺铁和锰。
