蒜头贮藏期病害要有：大蒜青霉病和曲霉病，虫害主要有螨类和咖啡豆象等，虫害防治详见“大蒜病虫草害防治技术”中有关内容，这里主要介绍病害。
①病状。
(a)大蒜青霉病。被害蒜头外部出现淡黄色的病斑。在潮湿情况下，长出青蓝色的霉状物。贮存时间久了，霉状物呈粉块状。严重时病菌侵入蒜瓣内部，组织发黄、松软、干腐，通常蒜头上一至数个蒜瓣干腐。
(b)大蒜曲霉病。被害蒜头外观正常，无色泽变暗或腐烂迹象，但剥开蒜瓣，蒜皮内部充满黑粉（相似黑粉病的症状）。
②发病规律。
(a)大蒜青霉病。主要由半知菌亚门丝孢纲的产黄青霉菌侵染所致，病菌广泛存大于土壤、空气里，由多种伤口(如机械伤、虫伤、冷害等)侵入，迅速进入蒜瓣组织，蒜头外部产生霉状物后，贮运中继续接触传播，由昆虫爬动，特别是震动，使分生抱子飞散扩展，很快使蒜头大量发病。
(b)大蒜曲霉病。主要由半知菌亚门丝孢纲的黑曲霉菌侵害所致，病菌在土壤中、空气里以及工具和多种腐烂的植物残体上广泛存在。可能随采收由蒜头顶部剪口或擦伤处侵入，不断破坏内部组织。贮运期间再侵染不明显。因外贸需要，常将蒜头剪下去根贮运，该病大量发生，且随贮运期延长发病越重。
③防治方法。
(a)科学收获蒜头，充分晒于后再剪下去根，不宜先将鲜嫩蒜头剪下去根后再晾晒，否则发病重。切不可对剪下的鲜蒜头进行药剂处理，否则农药残留超标不符合出口质量标准。具体方法见前文有关。“适期收获蒜头”的内容;
(b)大量贮存时,要求先将仓库用石灰水或多菌灵药液进行全面消毒处理；
(c)出口蒜头，最好及时进行辐照处理盾妥善贮藏管理，注意控制好仓库里的温、温度。
