西芹秋冬季病害主要有斑枯病、菌核病、病毒病、软腐病等。病害防治要以预防为主，首先要加强田间管理，提高植株抗病力，尤其是保护地栽培，要控制好温度与湿度，注意通风，避免重茬。
斑枯病 芹菜斑枯病又叫晚疫病、叶斑病，俗称“火龙”，为真菌性病害。芹菜斑枯病主要危害叶片，其次是叶柄和茎。老叶先发病，病斑初为淡褐色油浸状小斑点，边缘明显，以后发展为不规则形斑，颜色由浅黄变为灰白色，边缘深红褐色，且聚生很多小黑粒，病斑外常有一圈黄色晕环。叶柄、茎部病斑褐色，长圆形稍凹陷，中间散生黑色小点，严重时叶枯茎烂。
防治方法：加强田间管理，增施磷钾肥，增强植株抗病力。在棚中栽培要注意清洁田园，及时清除田间病残体，降温排湿，缩小昼夜温差，减少结露，切忌大水漫灌。未发病之前可用64%世高1200倍液或12.5%的腈菌唑3000～4000倍液交替或两者混合使用以达到预防的目的。棚中发病时可喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩每次1公斤，7～10天防治1次，连续防治2～3次，效果较好。
菌核病 该病危害芹菜茎、叶。受害部位刚开始呈褐色水浸状，湿度大时形成软腐，表面生出白色菌丝，后形成鼠粪状黑色菌核。菌核萌发温度5℃～20℃，15℃最适，相对湿度85%以上时该病易发生和流行。
防治方法：实行3年轮作。播前用10%盐水浸种，除去菌核后用清水冲洗干净，晾干播种。发病初期喷洒50%速克灵或50%扑海因或70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液。棚中发病用粉尘法，喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩每次1公斤。
病毒病 全株都可染病毒病。初期叶片皱缩，呈浓、淡绿色斑驳或黄色斑块，表现为明显的黄斑花叶。严重时全株叶片皱缩不长或黄化、、矮缩。病毒在田间主要通过蚜虫传播，也可通过人工操作接触摩擦传毒。栽培管理条件差、干旱，蚜虫数量多时发病重。
防治方法：采取防蚜、避蚜措施进行预防。加强肥水管理，促进植株生长健壮，提高植株抗病力。进行叶面喷肥，也可提高耐病性。发病初期喷洒1.5%植病灵乳剂1000倍液或20%病毒A可湿性粉剂500倍液或高锰酸钾1000倍液防治。
软腐病 软腐病主要发生于叶柄基部或茎上。症状是先出现水浸状、淡褐色纺锤形或不规则形凹陷斑，后呈湿腐状，变黑发臭，仅残留表皮。该病为细菌性病害。病原细菌在土壤中越冬，从伤口侵入，借雨水或灌溉水传播蔓延。湿度大时发病重。有时与冻害或其他病害混发。
防治方法：实行3年以上轮作，移栽、松上或锄草时避免伤根。雨后及时排水，发现病株及时挖除，并撒入石灰消毒，发病期减少浇水或暂停浇水。发病时可及时喷药，可选用72%农用硫酸链霉素或新植霉素3000～4000倍液、DT胶悬剂等，隔7～10天1次，连续防治2～3次。
