葡萄球菌病是一种环境性疾病，为预防本病的发生，主要是做好经常性的预防工作。
1.防止发生外伤创伤是引起发病的重要原因，因此，在鸡饲养过程中，尽量避免和消除使鸡发生外伤的诸多因素，如笼架结构要规范化，装备要配套、整齐，自己编造的笼网等要细致，防止铁丝等尖锐物品引起皮肤损伤的发生，从而堵截葡萄球菌的侵入和感染门户。
2.做好皮肤外伤的消毒处理在断喙、带翅号(或脚号)、剪趾及免疫刺种时，要做好消毒工作。除了发现外伤要及时处治外，还需针对可能发生的原因采取预防办法，如避免刺种免疫引起感染，可改为气雾免疫法或饮水免疫；鸡痘刺种时作好消毒；进行上述工作前后，采用添加药物进行预防，等等。
3.适时接种鸡痘疫苗，预防鸡痘发生从实际观察中表明，鸡痘的发生常是鸡群发生葡萄球菌病的重要因素，因此，平时作好鸡痘免疫是十分重要的。
4.搞好鸡舍卫生及消毒工作做好鸡舍、用具、环境的清洁卫生及消毒工作，这对减少环境中的含菌量，消除传染原，降低感染机会，防止本病的发生有十分重要的意义。
消毒是贯彻预防为主的综合防制措施中一项主要措施，结合平时饲养管理，对鸡舍场地、用具进行定期的预防性消毒，以杀灭散播在环境中的病原体，从而达到防止疫病的发展和蔓延。在兽医上常用的消毒药品多为酸碱类、含氯消毒剂、醛类和酚类等，这些消毒剂，在有畜禽存在的环境中进行消毒时，对畜禽均有较大的不良作用，只有畜禽迁离畜禽舍后，方可使用。因此，作者等在1983-1985年对在有鸡存在条件下鸡舍的消毒方法进行了研究，试验证明，应用0.3%过氧乙酸消毒鸡舍，对17个不同部位放置的指标菌(白色葡萄球菌样片)，平均杀灭率为99.08%，其中地面样片为99.99%，笼具样片为99.92%，墙样片为97.34%，对照样片回收活菌数平均为1.4×106个。地面5个样点的常在葡萄球菌平均杀灭率为95.06%，墙壁6个样点的常在葡萄球菌平均杀灭率为94.13%，鸡被羽的常在葡萄球菌平均杀灭率为99.52%。对其他病原也有一定的杀灭作用，后在养鸡现场先后消毒75场次，消毒环境中有雏鸡(35日龄以上)、育成鸡及产蛋鸡1124 500只，结果表明，对鸡只是安全的，无不良影响。该项带鸡消毒技术已在全国推广采用，成为养禽业一种常规的消毒方法。北京市东沙种禽公司种鸡场从1987年已作为防疫工程管道化，对鸡舍进行经常性消毒，收到良好预防效果。
5.加强饲养管理喂给必需的营养物质，特别要供给足够维生素和矿物质；禽舍内要适时通风、保持干燥；鸡群不易过大，避免拥挤；有适当的光照；适时断喙；防止互啄现象。这样，就可防止或减少啄伤的发生，并使鸡只有较强的体质和抗病力。
如前所述，在葡萄球菌分离过程中，还可分离到养鸡环境中一部分其他细菌，这些分离菌的病原性如何呢?在人工感染试验中，专门设计将接种的细菌的各组雏鸡分别饲养在30℃恒温条件下观察，结果分出的金黄色葡萄球菌、普通变形杆菌对1日龄雏鸡有强的致病性；肺炎克雷伯氏菌、大肠杆菌、肠球菌等不能致死雏鸡，表明其致病性较弱。由此可见，鸡只所处的生长环境及条件对发病与否及死亡有着密切的关系。从而提示我们，创造良好的饲养管理、营养、环境、气候和卫生条件，是提高鸡只成活率，减少疫病发生的主要措施。6.做好孵化过程的卫生及消毒工作要注意种卵、孵化器及孵化全过程的清洁卫生及消毒工作，防止工作人员(特别是雌雄鉴别人员)污染葡萄球菌，引起雏鸡感染或发病，甚至散播疫病。
孵化厅(车间)及其全部孵化过程的清洁、卫生及消毒工作，对保证雏鸡的健康，防止由此向外扩散某些疫病是十分重要的。评价孵化厅(车间)的卫生状况，可以检查孵化厅各车间空气中细菌数，各种物体表面、蛋壳及刚出壳雏体表面细菌，等等。我们曾对孵化厅(车间)进行检测，从检测结果看出，从种蛋入孵到雏鸡出场全过程，金黄色葡萄球菌污染的程序是循序增加，出雏器是其大本营。究其原因，可能是出雏器中存在相当数量的金黄色葡萄球菌，随着小鸡的孵出，污染了蛋壳、蛋盘和通风空气中的金黄色葡萄球菌，在那些有营养的胚液和适宜的温度构成细菌最好环境，使其迅速增殖的结果。可见，出雏车间的清洁卫生，防止工作人员、各种用品、器物及污染了的空气逆向运行或循环，对防止病原的散播，减少雏鸡疾病的发生是至关重要的。只有这样，才可望切断不良的循环，从而改善这种互为因果的污染。同时，我们在对孵化过程消毒试验及效果的检测结果表明，在孵化及出雏过程国内外大多采用甲醛熏蒸法消毒是可行的。对新鲜种蛋、入孵时种蛋、出雏器、孵化器及用具等消毒时，所用福尔马林的浓度(用量)及熏蒸时间是不相同的。从我们观察结果来看，单纯从延长消毒时间和增加福尔马林浓度是不能解决问题的。如孵化器和出雏器不严密、风口不能关闭、福尔马林中甲醛的含量、种蛋和雏鸡的密度等，对消毒效果都有明显影响。定时或用前进行甲醛含量的测定是有益的。我们曾在出雏约20%时以每立方米用福尔马林20ml熏蒸消毒20min，结果雏鸡体表细菌杀灭率81%，蛋壳表面细菌杀灭率73%；在出雏完毕时后同法进行消毒，则雏鸡体表及蛋表面细菌比前次消毒后还多(雏鸡体表多75%，鸡蛋表面多25%)，可见，在出雏中应分批消毒分批检出，以出雏10%-20%时就可消毒一次，在雏鸡出完时一次性熏蒸消毒的方法是不可取的。
7.预防接种发病较多的鸡场，为了控制该病的发生和蔓延，可用葡萄球菌多价苗给20日龄左右的雏鸡注射。从1986年以来，陈福勇等研制的鸡葡萄球菌油乳剂和氢氧化铝菌苗，经在京、津、冀、鲁等地部分鸡场200余万只鸡的试用，证明是安全的，有一定预防效果。
