1.对消毒认识不足，重视不够
不少养猪户对养猪的生物安全、消毒的重要性认识不足，认为消毒麻烦，没有把生物安全、消毒工作看成是贯彻“预防为主”方针的一项重要措施。养猪户消毒间隔时间长，没有形成制度；只对猪舍的地面、猪栏、猪圈墙进行消毒，但却留下很多死角，一些重要的部位，如饮水器、水箱、水管、料槽及使用的工具等很少进行消毒，这些地方也是病原微生物繁殖的场所，也可引发疫病的传播。
2.猪舍周围环境、人员及用品消毒不到位
多数农户对猪舍周围环境及人员进出很少实施消毒。人员随意进出猪舍，工作服舍内外同穿，工具与物品舍内外共用比较普遍。
3.选择消毒药品单一，使用浓度不规范
有的农户长期使用1～2种消毒剂，没有定期更换，致使病原体产生耐药性，影响消毒效果。有的农户配制消毒剂时任意增减浓度。消毒剂的配比浓度过低，不能杀灭病原微生物。虽然浓度越大对病原微生物杀灭作用越强，但是浓度增大的范围是有限的，不一定所有的消毒剂超出限度就能提高消毒效力。因为各种化学消毒剂的化学特性和化学结构不同，对病原微生物的作用也是各不相同。
4.消毒方法与消毒程序不科学
有的猪舍没有彻底清扫、冲洗干净，就急忙喷洒消毒药液，使消毒剂先与环境中存在的有机物结合，以致对微生物的杀灭作用大为降低，很难达到消毒效果。
5.所选消毒药品质量不合格
有的农户为了省钱，从市场上购进无生产批号、无生产厂家、无生产日期的“三无消毒药”，使用后不但没达到消毒目的，反而影响生产，造成经济损失。
