母牛怀孕后，各器官发生一定的生理变化，对药物的反应与未孕母牛不完全相同，药物的分布和代谢也受妊娠的影响。因此，孕畜临床不合理用药将会导致胚胎死亡、流产、死胎和胎儿畸形，造成医源性疾病。
发生疾病时要考虑副作用与毒害作用。首先要考虑药物对胚胎和胎儿有无直接或间接的危害作用。其次是药物对母牛有无副作用与毒害作用。
早期用药要慎重。当发生疾病必须用药时，可选用不会引起胚胎早期死亡和致畸作用的常用药物。
用药剂量要准确。剂量不宜过大，时间不宜过长，以免药物蓄积作用而危害胚胎和胎儿。
慎用全身麻醉药、驱虫剂和利尿剂。禁用有直接或间接影响生殖机能的药物，如前列腺素、肾上腺皮质激素和促肾上腺皮质激素、雌激素。严禁使用子宫收缩的药物，如催产素及垂体后叶制剂，麦角制剂，氨甲酰胆碱和毛果芸香碱。使用中药时应禁用活血祛瘀，行气破滞，辛热，滑利中药，如桃红、红花、乌头等。对云南白药、地塞米松等也应慎重使用。
有人认为，孕畜用药都是有害，这种观念要改变。延误孕牛的治疗，反而损害母牛的健康，造成母牛与胎儿双亡现象。因此，孕牛患病时应积极用药治疗，确保母体健康。
