充分了解兽药，科学用药一般肉鸭发病有的是由病毒引起的，如鸭瘟、鸭肝炎等；有的是由细菌感染的，如浆膜炎、大肠杆菌病等。病毒病常采用干扰素、血清、卵黄抗体、黄芪多糖等药物治疗，细菌病选用高效的抗菌药物进行治疗。肉鸭用药治病，要掌握中药和西药相结合、抗病毒和抗菌病相结合的原则，不能盲目大剂量给药。
制订合理的给药方案和给药方式肉鸭用药上首先要结合病情制订合理的给药方案，最好在兽医的指导下进行。用抗菌药治病时必须有合适的剂量、间隔时间及疗程。疗程应充足，一般的感染性疾病可连续用药3天~4天，症状消失后，再巩固1天~2天，以防复发，磺胺类药的疗程更长。
定期消毒，加强免疫定期进行消毒对防治鸭病具有积极作用。应该选用有机氯等高效低毒的消毒药，目前用于肉鸭养殖场环境消毒的药物有：醛类（甲醛、戊二醛）、碱类（如烧碱、生石灰）、卤素类(氯制剂有漂白粉、消毒王、灭毒威等)、过氧化物类（如过氧乙酸）、季胺盐类（如百毒杀）。制定消毒程序，一般10天~15天进行一次带鸭消毒，5天~7天一次环境消毒。