微生态制剂在使用方法上有两种：内服和外泼。笔者在养殖生产中发现虾农在使用微生态制剂时普遍存在错用的问题，笔者根据所学知识及生产实践经验，摸索出一套自己的使用方法。
　　
　　一、放苗前期虾池经清理冲洗消毒后，放入新的消毒海水，次日肥水，待稍有水色后，加入光合细菌，由于新入海水，水中致病弧菌等微生物相对较少，此时投入光合细菌一方面可起到肥水作用，另一方面则可使光合细菌形成优势细菌种群，在施用光合细菌的情况下，所获得的藻相也是以有益的藻为主。这样初步获得了菌藻平衡。
　　
　　二、养殖前期放菌后，第三天可在虾池中加入芽孢杆菌。当养殖进行到大约10天左右，由于虾仍处于幼虾期，游泳能力差，不能排污，虾池中开始积累一定数量的残饵和粪便。此时应及时补加复合微生态制剂。并根据需要经常少量添加新水。注意在养殖前期，除非对虾出现病害征兆，否则不要轻易消毒。
　　
　　三、养殖中期养殖一月后，对虾的活动能力增强，池塘已积累较多的粪便、残饵。此时，应通过中央排污排去底层污水。及时补入新水。由于消毒剂通常对各种微生物都能杀灭，待消毒剂的药性消失后(一般为3天)，其他有害微生物还没有大量繁殖前，应及时补充新的复合微生态制剂。
　　
　　此时，对虾基本上可以摄食2号饲料，此时除了上述在水中施用复合微生态制剂外，还可以在以后全程养殖中拌服微生态制剂，拌服量占本餐投饲量的1－3％。
　　
　　四、养殖后期养殖达二月后，进入后期，生产上一般采用大排大灌更新池水，在这个时期原则上不再外泼微生态制剂，因为换水频率较大，新加入的有益微生物很难繁殖起来。因此应以内服为主。投喂量和中期相同。