棉种萌发前侵染而造成烂种，萌发后末出土前被侵染而引起烂芽。棉苗出土后受害，初期在近土面基部产生黄褐色病斑，病斑逐渐扩展包围整个基部呈明显缢缩，病苗萎蔫倒伏枯死。拔起病苗，茎基部以下的皮层均遗留土壤中，仅存尖纫的鼠尾状木质部。子叶受害后，多在子叶中部产生黄褐色不规则形病斑，常脱落穿孔。此病发生后常导致棉苗成片死亡。在病苗、死苗的茎基部及周围、土面常见到白色稀疏菌丝体。
一、传播途径与发病条件
病菌以分生孢子在棉籽短绒上越冬，少数以菌丝体潜伏于棉籽种皮内或子叶夹缝中越冬，种子带菌是重要的初侵染源。然后，病部产生分生孢子借风雨、昆虫及灌溉水传播。棉铃染病病菌侵入棉籽。发病的叶、茎、叶落入土中，造成土壤带菌，引起苗期发病、又可经雨水冲溅侵染棉铃，引起发病。
二、症状
棉苗立枯病在我国各主要棉区都有发生，而且每年均可在田间出现，使穴棉苗的死亡，棉田出现缺苗断垅，是世界性的病害之一。主要症状是：幼苗出土前造成烂子和烂芽。幼苗出土以后，则在幼茎基部靠近地面处发生褐色凹陷的病斑；继则向四周发展，颜色逐渐变成黑褐色；直到病斑扩大缢缩，切断了水分、养分供应，造成子叶垂萎，最终幼苗枯倒。发病棉苗一般在子叶上没有斑点，但有时也会在子叶中部形成不规则的棕色斑点，以后病斑破裂而穿孔。病原菌由菌丝体繁殖，菌丝体在生长初期没有颜色，后期呈黄褐色，多隔膜，这是立枯病菌最易识别的特征。发病规律以低温多雨适合发病，立枯病菌侵入棉苗最适土温为17～23℃，23℃以上其致病力逐渐下降，至34℃棉苗即不受侵害，湿度越大发病越重。
三、防治方法
1.苗床土壤处理
（1）代森锌。按每平方米用量3～4克，混拌适量的细土，均匀的撒入土壤中。
（2）五氯硝基苯。每平方米6克的用量混拌适量的细土，制成毒土，撒于土壤中。
（3）福尔马林。35%～40%的福尔马林溶液，每平方米土壤50毫升加水6～12升，在播种前7天均匀浇在土壤，再用塑料膜覆盖密封3～5天，翻晾后再播种。
（4）多菌灵。每立方米土加50%多菌灵粉40克，拌匀后用塑料薄膜覆盖2～3天，揭膜后使药味挥发即可播种。
2.农业控制
（1）适时播种。选用质量好的棉种，平均气温在20℃以上时播种为宜，早播引起棉苗根病的决定因素是温度，而晚播引起棉苗根病的决定因素则是湿度。
（2）深耕冬灌，精细整地。北方一熟棉田，秋耕宜早，冬灌应争取在土壤封冻前完成；南方两熟棉田，要在麦行中深翻冬灌，播种前抓紧松土除草清行，棉田冬翻二次、播前翻一次的棉田，苗期发病比没有翻耕的棉田为轻。
（3）深沟高畦，排水降渍。南方棉区春雨较多，棉田易受渍涝，这是引起大量死苗的重要原因。棉田深沟高畦可以排除明涝暗渍，降低土壤湿度，有利于防病保苗。
（4）轮作倒茬防病。以稻棉轮作2～3年最好，防病效果在50%以上。
（5）温汤浸种。种子经55℃的热水浸30分钟或60℃的热水浸20分钟，发病率可降低50%左右。
3.田间喷雾防治
（1）棉增灵和多菌灵。棉苗出来后用0.16%棉增灵（盐酸小檗碱黄铜）800倍、50%多菌灵可湿性粉剂800倍、50%福美双可湿性粉剂800倍，顺棉苗主茎喷雾，使药液顺主茎滴入土壤，每3～5天一次，连续3次，防治效果为50%左右。
（2）半量式波尔多液喷洒。采用200倍半量式波尔多液喷洒，顺棉苗主茎喷雾，使药液顺主茎滴入土壤，10～15天一次，2～3次，防病效果好。200倍半量式波尔多液配置方法为：硫酸铜：石灰：水=1：0.5：200。具体配制方法为：将硫酸铜溶于多量水（十分之九的水）中，配成稀硫配铜液；把石灰溶于少量水（十分之一的水）中，配成浓石灰乳；然后将稀硫酸铜液缓慢地倒入浓石灰乳中，边倒边搅即成（一定不能将石灰乳倒入硫酸铜液中）。为了保证波尔多液的质量，必须注意几个问题：A配制时不能使用金属容器；尤其是铁器；B要用优质的生石灰（即快状石灰），尽量不用消石灰，若用消石灰，也必须用新鲜的，而且用量要增加30%左右；C硫酸铜最好是纯蓝色的，不应夹带绿或黄绿色杂质；D水温不宜过高，一般以不超过气温为度。
