(一)常规栽培的整形修剪
番荔枝很少在树冠外围开花结果，多数在主干、主枝、副主枝中下部的侧枝上开花结果，这些侧枝充实粗短，所结果实大，商品价值高。但番荔枝条上的腋芽为叶柄所包裹，若叶片不脱落，腋芽就无法萌芽。因此，番荔枝枝条虽可延续生长长达1米或更长，但在自然情况下，当年很少有2次梢，致枝量少，树冠稀疏，叶面积指数小，结果少，产量低。故为了培养、造就众多的粗短健壮侧枝，必须进行整形和修剪。植后1～2年内在主干上选留4～6条向各方位伸展、互不重叠、间距适当、分枝角度大的主枝，第一条主枝离地面30～40厘米，各主枝垂直间距10～15厘米，主枝留50～60厘米短截，促进萌发、选留4～5条副主枝，培养成矮生、多主枝主干型树形，再在其上培养粗短健壮的结果枝组。一般是新梢萌发、生长后，留长约20厘米打顶，以促进加粗生长。为促进分枝，必须在打面或短截的同时，摘去中部适量叶片，露出腋芽，才能萌发、抽生新梢。
幼年树以整形为主，结合培养主枝、副主枝，促进枝条萌发，于春季或夏、秋季进行。
结果树修剪自12月下旬至3月上旬进行。剪除直立向上枝、枯枝、病虫害枝、结果后的残枝，回缩横生延长枝，短截因低温等致干枯的枝条末端。冬季修剪后25～35天萌芽发新枝，故冬剪一般不宜太早。若冬至前修剪，剪后北风起，气温下降，萌芽开花困难。即使抽梢开花，也常致落花；即使座果，常因寒流南侵，气温骤降，幼果受害变黑或落果。据台湾经验，番荔枝冬剪要适度，若轻剪，存留小枝条多，提早开花，座果后枝易下垂及地，影响管理及果实品质，养分分散，果小；若过于强剪，易使地上部与地下部生长不平衡，短截口以下潜伏芽簇生，增加病虫防治及其他管理的不便，结果减少。
此外，同一枝条上若结果太多时，应适当疏果，首先疏去虫害果、畸形果、日灼果及风伤疤果，再依树势、果实分布情况疏去部分小果，以减轻枝条和树体负担，防止树势衰弱，提高大型果比率和品质。
(二)产期调节栽培的修剪
番荔枝花芽分化对环境条件的要求不严格，只要树体健壮，贮藏养分充足，有新梢萌发就能伴随着开花，气候及栽培条件良好，便能座果、发育成为具商品价值的果实。因此，可以用打顶或短截后去叶片的方法，促进新梢萌发、开花，达到增加花量或调节开花期、果实收获期和市场供应的目的。
在台湾，番荔枝果实多在6～9月上市，适逢芒果、荔枝、龙眼、香蕉、菠萝、连雾等多种水果大量上市，对不耐贮运的番荔枝销售及价格极为不利，此时又是台风季节，易受损害而减产歉收。故在冬暖、果实可安全越冬的地区，实施产期调节，除自然开花结果、收正造果(7～9月外，还于采果后进行夏季修剪(7月上旬至9月中旬)，短截并摘除枝条上部2～4片叶，使被短截、去叶的枝条上再萌芽发新梢，开花结果。这些花所结的果实自11月至翌年3月上市，使一年中除4～6月外都有鲜果上市，获得更佳的经济效益。
夏剪首先剪去密生枝、徒长枝、纤弱枝、枯枝、病虫害枝，以及主干、主枝上的不定芽，使光照改善，通风良好，调节树势，促壮留存的枝条，修剪量约为枝叶总量的30％～40％。其次是调节产期的修剪，选择着生于主干、主枝、副主枝、粗壮侧枝上当年生春梢发育充实的下垂枝、横生枝等优良枝梢，留6～10厘米短截，并摘除留下枝段上的叶片，经7～15天即可萌芽发梢，继而现花蕾及开花。因为修剪有先后，萌芽、开花也有先后，且花期较长，果成熟期也较长。
夏剪以调整树生势的愈早愈好，以减少养分损耗。调节产期的修剪应于白露前修剪完毕，最迟不超过寒露，否则低温干旱，难于萌芽、开花，或落花严重，结果不良。
夏剪后侧枝上无叶或少挂叶片，即行清园并喷药防治病虫害，以确保新梢和花生长发育良好。冬季低温与秋、冬季多阴雨日照不足，以及春季梅雨期长、落花落果和病虫害严重的地区，不宜进行产期调节栽培。
