芦柑一般开花很多，但大部分由于花器发育不完全，授粉不好，养分不足或病虫为害等因素而落花落果，坐果率一般只有2%~5%。据1985和1986年在永春天马柑橘场对不同海拔盛产期芦柑坐果率统计结果，坐果率1.28%~6.80%，平均为3.95%。
芦柑的落花落果从花蕾期已开始，直到结成小果后还不断地脱落；根据落花落果时的发育程度可分为落蕾、落花、落果三种；落果又可分为第一次生理落果、第二次生理落果和采果前落果三类。落蕾在开花前就开始脱落，以盛花期脱落最多，落蕾主要是树体营养不良和花蕾发育不良的小型花和畸形花，正常花蕾脱落较少。落花在盛花后达高峰，落蕾多的，落花相对减少；落花中除大部分为花器发育不良的畸形花外，虫害造成的落花占很大的数量。第一次生理落果在谢花后开始，2周后进入高峰，幼果连同果梗和萼片一起脱落；其主要原因是花器发育不健全的畸形花不能正常授精而落果；部分正常花因花期不良气候的影响，妨碍授粉受精而落果；有的是因虫害或强风暴雨等不良气候引起落果。第二次生理落实果期一般在5月中下旬和6月旬，幼果从蜜盘处产生离层脱落，主要是营养物质或水分供应不足，致使胚中途停止发育，造成落果。如花后连续阴雨天气时间长，日照少，叶片光合作用低，制造的养分花给不足，会致大量幼果脱落；雨水过多，土壤排水不良，根系吸收功能减弱，造成养分不足，或土壤肥力差，施肥不及时，造成养分不足都会引起大量落果；春季红蜘蛛为害严重；引起春梢落叶或新梢叶片不能正常转绿，光合作用产物减少，致使大量幼果脱落；不正常的气候或不当的管理措施，大量抽发早夏梢，新梢与幼果争夺养分，也会引起大量落果。第二次生理落果一般在6月底已基本结束，7月以后至采果前的落果，主要是由于裂果或病虫害，如吸果夜蛾、炭疽病等为害引起落果；严重的夏秋干旱或暴风雨，也会造成大量采前落果。据观察永春芦柑4月下旬至5月上旬谢花后开始第一次生理落果，持续时间20~25天；第二次生理落果5月中旬至5月下旬开始，6月下旬至7月初结束，历时30~40天；据统计第一次生理落果点生理落果总数33.3%，第二次点66.7%。
防止落花落果的办法，最根本的措施是加强土肥水和管理，增强树势，培育健壮的结果母枝，提高花的质量，减少畸形花的比率，增加有叶花枝和正常花的比例。同时创造条件，促进正常授粉受精；及时防治病虫害，适时追肥，注意控制早夏梢抽发等措施都能有效减少落花落果。
