水质污染的直接危害，可使蔬菜组织造成灼伤或腐蚀，引起生长不良，产量下降或产品本身带毒，不能食用；间接危害，即水中可溶性有害有毒物质被根系吸收或严重影响植株正常的生理代谢和生长发育，导致减产或使产品内积累大量有毒有害物质，通过食物链转入人、畜体内，造成危害。污水对蔬菜危害较大，且分布较广的主要有酚类化合物、氰化物、苯系物、醛类和有害致病微生物。
（1）酚类化合物：酚是石油化工、炼焦和煤气、冶金、化工、陶瓷和玻璃、塑料等工业废水中的主要有害物质。酚是一种原浆毒，对生物有毒杀作用，可使细胞原生质中的蛋白质凝固。用高浓度含酚废水灌溉蔬菜，能抑制植株的光合作用和酶的活性，破坏生长素的形成，影响对水分的吸收，破坏了植株的正常生长发育。降低产量和品质。研究表明，不同蔬菜种类对酚的同化能力及累积作用差异较大。在同一灌区内，芹菜对酚的累积量最高，番茄和黄瓜次之，大白菜和萝卜最低。高含量的酚对人类是不适宜的，它可能是一种助癌剂。
（2）氰化物：污染环境的氰化物，主要来源于炼焦、电镀、选矿、冶炼、化肥等厂矿排放的含氰工业废水。污水中的氢氰酸，是一种活性很强的有剧毒的污染物。农业灌溉用水标准中氰的允许含量为0.5毫克/升。蔬菜中氰残留量与水中氰污染程度、蔬菜种类、品种、生长期长短、栽培季节及植株部位等因素有关。由于蔬菜对氰的同化能力很强，氰在菜体内的残留期较短，一般在24～48小时内即可解除其污染而造成的积累。
（3）苯和苯系物：污水中的苯及苯系物主要来源于化工、合成纤维、塑料、橡胶，特别是炼焦和石油排放的污水。苯不溶于水，但能随水移动污染地下水和农田灌溉水源。被苯污染的饮用水和蔬菜，常含有异味。蔬菜体内苯含量随污水中苯浓度的增加而升高。高浓度苯会使产品器官内芳烃类物质急剧增加，出现难吃的涩味，不宜食用。国家农业灌溉水质标准规定，苯的浓度为2.5毫克/升。
（4）致病微生物污染：在未处理的食品工业废水、医院污水和生活污水及未腐熟的粪便水中，常常携带有大量的致病微生物，用这些污水灌溉蔬菜，如果采后处理及食前处理不当，蔬菜即成了病菌进入人体的中介物。 未处理的污水中病原菌主要有沙门氏杆菌、志贺氏痢疾杆菌及肝炎病毒、肠病毒等，另外还有大量的寄生虫卵等。一般情况下，这些致病微生物附着在蔬菜接触面上或通过组织进入菜体内。有人指出，食用污水区蔬菜的市民比食用清水区蔬菜的市民肠道疾病发病率要高。在受污染的蔬菜中，根菜比较严重，果菜较轻。 湖南、北京等地研究结果表明，污灌区和粪灌区蔬菜肠道杆菌、蛔虫卵污染率100％，特别是蛔虫卵污染数粪灌区比污灌区还高，可见，未经充分腐熟及未进行必要处理的粪便，是不能用来蔬菜施肥，尤其是应禁止用来浇灌生食蔬菜，否则会给蔬菜造成严重污染。 土壤虽然对致病微生物有一定的自净能力，但是也会有些致病微生物在土壤中能存活较长时间，如沙门氏菌可以存活6个月到1年，大肠埃希氏杆菌可存活达4年之久。因此，在利用污水和粪水灌溉蔬菜时应慎重。从无公害蔬菜栽培的角度，必须把好这一关。污水及粪水必须经过严格的处理，经检验合格；对生食蔬菜应该禁用；对一般蔬菜采前一段时间不宜使用；改畦灌、淹灌为沟灌，尽量不要让粪水直接接触菜体的可食部分。
（5）化肥对水质的污染：化肥中营养元素氮、磷等流失到水域中，一是造成肥料养分的流失而降低利用率；二是会造成地表水富营养化和地下水硝酸盐污染危害。据调查，化肥从农田流失到水域中的主要途径有径流、农田排水和渗漏淋洗。
