香菇菌柱转色后，菌丝体完全成熟，并积累了丰富的营养，在一定条件的刺激下，迅速由营养生长进入生殖生长，发生子实体原基分化和生长发育，也就是进入了出菇期。
一、催蕾：香菇属于变温结实性的菌类，一定的温差、散射光和新鲜的空气有利于子实体原基的分化。这个时期一般都揭去畦上罩膜，出菇温室的温度最好控制在10—22℃，昼夜之间能有5—10℃的温差。如果自然温差小，还可借助于白天和夜间通风的机会人为地拉大温差。空气相对湿度维持90%左右。条件适宜时，3—4天菌柱表面褐色的菌膜就会出现白色的裂纹，不久就会长出菇蕾。此期间要防止空间湿度过低或菌柱缺水，以免影响子实体原基的形成。出现这种情况时，要加大喷水，每次喷水后晾至菌柱表面不粘滑，而只是潮乎乎的，盖塑料膜保湿。也要防止高温、高湿，以防止杂菌污染，烂菌柱。一旦出现高温、高湿时，要加强通风，降温降湿。
二、子实体生长发育期的管理：菇蕾分化出以后，进入生长发育期。不同温度类型的香菇菌株子实体生长发育的温度是不同的，多数菌株在8—25℃的温度范围内子实体都能生长发育，最适温度在15—20℃，恒温条件下子实体生长发育很好。要求空气相对湿度85%—90%。随着子实体不断长大，呼吸加强，二氧化碳积累加快，要加强通风，保持空气清新，还要有一定的散射光。夏播香菇出菇始期在秋季。北方秋季秋高气爽，气候干燥，温度变化大，菌柱刚开始出菇，水分充足，营养丰富，菌丝健壮，管理的重点是控温保湿。
早秋气温高，出菇温室要加盖遮光物，并通风和喷水降温；晚秋气温低时，白天要增加光照升温，如果光线强影响出菇，可在温室内半空中挂遮阳网，晚上加保温帘。空间相对湿度低时，喷水主要是向墙上和空间喷雾，增加空气相对湿度。当子实体长到菌膜已破，菌盖还没有完全伸展，边缘内卷，菌褶全部伸长，并由白色转为褐色时，子实体已八成熟，即可采收。采收时应一手扶住菌柱，一手捏住菌柄基部转动着拔下。整个一潮菇全部采收完后，要大通风一次，晴天气候干燥时，可通风2小时；阴天或者湿度大时可通风4小时，使菌柱表面干燥，然后停止喷水5—7天。让菌丝充分复壮生长，待采菇留下的凹点菌丝发白，就给菌柱补水。
补水方法是先用10号铁丝在菌柱两头的中央各扎一孔，深达菌柱长度的1/2，再在菌柱侧面等距离扎3个孔，然后将菌柱排放在浸水池中，菌柱上放木板，用石头块压住木板，加入清水浸泡2小时左右，以水浸透菌柱(菌柱重量略低于出菇前的重量)为宜。浸不透的菌柱水分不足，浸水过量易造成菌柱腐烂，都会影响出菇。补水后，将菌柱重新排放在畦里，重复前面的催蕾出菇的管理方法，准备出第二潮菇。第二潮菇采收后，还是停水、补水，重复前面的管理，一般出4潮菇。有时拌料水分偏大，出菇时的温度、湿度适宜，菌柱出第一潮菇时，水分损失不大，可以不用浸水法补水，而是在第一潮菇采收完，停水5—7天，待菌丝恢复生长后，直接向菌柱喷一次大水，让菌柱自然吸收，增加含水量，然后再重复前面的催蕾出菇管理，当第二潮菇采收后，再浸泡菌柱补水。浸水时间可适当长些。以后每采收一潮菇，就补一次水。
北方的冬季气温低，子实体生长慢，产量低，但菇肉厚，品质好。这个季节管理的重点是保温增温，白天增加光照，夜间加盖草帘，有条件的可生火加温，中午通风，尽量保持温室内的气温在7℃以上。可向空间、墙面喷水调节湿度，少往菌柱上直接喷水。如果温度低不能出菇，就把温室的相对湿度控制在70%—75%，养菌保菌越冬。
春季的气候干燥、多风。这时的菌柱经过秋冬的出菇，由于菌柱失水多，水分不足，菌丝生长也没有秋季旺盛，管理的重点是给菌柱补水，浸泡时间2—4小时，经常向墙面和空间喷水，空气相对湿度保持在85%—90%。早春要注意保温增温，通风要适当，可在喷水后进行通风，要控制通风时间，不要造成温度、湿度下降。
