棉子饼粕中主要对动物有毒的物质为棉酚及它的衍生物（棉酚紫，棉酚青色素等）。其中以棉酚的含量较高，且毒性较大。棉酚是一种复杂的多元酚类化合物，具有活性羟基、活性醛基的多元酚类化合物为游离棉酚；而与蛋白质、氨基酸、磷脂等物质结合，没有活性羟基、活性醛基的多元酚类化合物为结合棉酚，其丧失了活性，对动物是无毒的。
游离棉酚对反刍动物的危害
由于反刍动物消化过程中特殊的瘤胃环境，使棉子饼粕中游离棉酚对于成年的反刍动物危害较小，可以把棉粕作为一种正常的蛋白质饲料而大量饲用。
游离棉酚对单胃动物的危害
它可损害肝细胞、心肌和骨胳肌，与体内硫和蛋白质稳定地结合，损害血红蛋白中的铁，导致贫血。此外，棉子中尚含有一种具有环丙烯结构的脂肪酸，导致母鸡卵巢和输卵管萎缩，产卵量降低及卵变质。
检测方法
饲料中游离棉酚的测定方法GB／T13086—1991
去毒措施
在解决棉子及棉子饼粕去毒问题时，为保存棉子蛋白质的生物学价值或氨基酸的有效性，应从多方面着手，包括培育和推广无腺体棉花品种，改进棉子的加工工艺，对含毒量高的棉子饼在饲喂前进行脱毒处理。
培育无腺体棉花的品种中国现已培育出适合中国自然条件的无腺体棉子品种，这种无腺体棉子饼粕中游离棉酚含量在0.04％以下。
改进棉子的加工工艺与技术现行的传统加工工艺，由于强烈的湿热处理，棉子中的游离棉酚与蛋白质等结合形成结合棉酚，使棉子中蛋白质的消化率和赖氨酸的有效性降低。为了在制油工艺中排除游离棉酚并保持棉子饼蛋白质的品质，采取先压后浸法，即先将料坯轻度蒸炒，用自动螺旋机榨出大部分棉子油，然后再用有机溶剂将剩余棉子油从油粕中浸提出来。这种制油工艺可达到既充分提净游离棉酚，又保持棉子饼粕营养价值的效果。
棉子饼粕的脱毒处理对于棉酚含量超过0.1％的棉子饼，尤其是土榨棉子饼，应进行脱毒处理。一般采用的方法有：硫酸亚铁法、碱处理法、加热处理法和微生物发酵去毒法。
合理利用
一般含游离棉酚0.06％～0.08％的机榨或预压浸出的棉子饼粕，可不经去毒处理，直接与其他饲料配合使用，在生长肥育猪、肉鸡饲粮中可占10％～20％，母猪及产蛋鸡饲粮中可占5％～10％。游离棉酚含量超过0.2％的棉子饼应去毒后用作饲料，但应小心使用。用棉子饼作饲料时，配方中蛋白质含量最好稍高于规定的饲养标准。由于棉子饼粕中赖氨酸的含量和利用率均低于豆饼，故在饲料中补充合成赖氨酸或适量的鱼粉、血粉均可获得较好的效果。
