一、设备与工具消毒
池塘清塘消毒多用生石灰或漂白粉，一般干池清塘每亩用生石灰75千克或漂白粉10千克，带水清塘每亩水深1米用生石灰150千克或漂白粉15千克。平时消毒，每亩水深1米用生石灰10千克或漂白粉0.7千克。施用时，将生石灰放在船上或容器中，一面往里泼水溶化，一面趁热向池塘泼洒，漂白粉则在容器中溶化后立即全池均匀泼洒。
工具消毒时，一般网具、桶、盆等可以放在10毫克/升的硫酸铜溶液中浸洗20分钟，晾干后再使用；木制工具可用5％的漂白粉溶液消毒处理后，在清水中洗净再使用；大型网具可在阳光下曝晒后再使用。
二、饵料消毒
病原体往往能随饵料带入，因此投放的饵料必须清洁、新鲜，最好能经过消毒。螺蛳、水蚤、水蚯蚓等从野外捞取后，一般投喂活的或新鲜的，可以先用清水冲洗干净，再放在5％的食盐水中浸泡5分钟。商品饲料中可拌入少量金霉素或土霉素残渣（按饲料量的5％比例混合），既起到抑菌消毒的作用，又可增加营养，加速鳖的生长。
三、鳖体消毒
多年的实践证明，再健康的鳖，总难免带有一些病原菌。因此，清塘消毒过的池塘，如果放养未消毒的鳖，就把病原体一并带入。一旦环境适宜，就会大量繁衍，导致疫病发生。从“以防为主”出发，切断传染途径，在鳖运输后下塘、倒池、分养前，都要进行消毒。
1．高锰酸钾浸洗：用于防治各种体表寄生虫病，浸洗浓度40毫克/升，水温10～20℃时，浸洗15分钟，水温30℃左右时浸洗5～10分钟。配制此药时应现配现用，浸洗的水应尽量选用含有机质少的清水，防止在阳光直射下浸洗，以免影响药效。
2．漂白粉浸洗：浸洗浓度10～20毫克/升，消毒时间视水温高低、鳖活动情况灵活掌握，约经10分钟。
3．食盐浸洗：这是最常用的一种鳖体消毒方法。使用2％～4％的食盐水浸洗10分钟左右，可以用来杀死体表寄生虫如钟形虫、水蛭等。
4．食盐和小苏打浸洗：用0.5‰的食盐和0.5‰的小苏打混合液浸洗稚、幼鳖10小时左右，可预防毛霉和水霉病。
