虽然采用大棚种植草莓优点很多，但也有不足之处，因棚内高温多湿，易为病虫害发生创造极有利的环境条件。加强对病虫害的综合防治，“治早、治小、治了”，显得尤为重要，成为实现大棚草莓高产稳产的关键环节。
叶斑病，又称蛇眼病，主要为害叶片、叶柄、果梗、嫩茎和种子。在叶片上形成暗紫色小斑点，扩大后形成近圆形或椭圆形病斑，边缘紫红褐色，中央灰白色，略有细轮，使整个病斑呈蛇眼状，病斑上不形成小黑粒。
防治对策：及时摘除病叶、老叶。发病初期用70％百菌清可湿性粉剂500倍～700倍液，十天后再喷一遍。或用70％代森锰锌可湿性粉剂，每667平方米200克对水75千克进行喷雾。
白粉病，主要为害叶片，也侵害花、果、果梗和叶柄。叶片上卷呈汤匙状。花蕾、花瓣受害呈紫红色，不能开花或开完全花，果实不膨大，呈瘦长形；幼果失去光泽、硬化。近熟期草莓受到为害会失去商品价值。
防治对策：在发病中心株及其周围，重点喷布波美0．3度石硫合剂。采收后全园割叶，喷布70％甲基托布津1000倍液或50％退菌特800倍液及30％特富灵5000倍液等。
灰霉病，是开花后的主要病害，在花朵、花瓣、果实、叶上均可发病。在膨大时期的果实上，生成褐色斑点，并逐渐扩大，密生灰霉使果实软化、腐败，严重影响产量。
防治对策：于现蕾到开花期进行，用25％多菌灵可湿性粉剂300倍液、50％克菌丹可湿性粉剂800倍液、50％扑海因500倍～700倍液等喷雾。
根腐病，从下部叶开始，叶缘变成红褐色，逐渐向上凋萎，以至枯死。支柱在中间开始变成黑褐色而腐败，根的中心柱呈红色。
防治对策：草莓移栽前用40％芦笋青粉剂600倍液，浇于畦面，然后覆土，整平移栽，以有效杀死土壤中的病菌，降低田间菌源基数，减少传染机会。
黄萎病，该病是土壤病害，主要症状是幼叶畸形，叶变黄、叶表面粗糙无比。随后叶缘变褐色向内凋萎，直到枯死。
防治对策：严格引入无病植株种植；缩短更新年限；用氯化苦13．5升～20升或太阳能覆盖薄膜灌水进行土壤消毒；已发病者必须拔除烧毁。
蚜虫，它对草莓为害是因吸取汁液使果实生育受阻，同时也因蚜虫排出甘露而让叶、果受到污染。另外，蚜虫也是传播病毒的媒介。
防治对策：及时摘除老叶，清理田间，消灭杂草。开花前喷布50％辟蚜雾2000倍液，共喷布1次～2次。
红蜘蛛，草莓受害的以红蜘蛛、黄蜘蛛为主。尤其红蜘蛛为害更多，叶片初期受害时出现小灰白点，随后逐步扩大，使全叶片布满碎白色花纹、黄化卷曲，植株矮化萎缩，严重影响生长。
防治对策：花序初显时，可喷0．3度石硫合剂，隔七天再喷一次。采果前用残毒低的20％增效杀灭菊酯5000倍～8000倍液，喷二次，间隔五天。注意采果前二周禁用农药。
